Os documentos receberam tratamento individual. São representativos de toda obra científica do titular, bem como trabalhos enviados a ele por outros cientistas. Dividi-se em duas subséries. A Subsérie Trabalhos Próprios, com datas limite que vão de 1890 a 1917 e cobre o período em que o titular ainda era estudante da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, até o fim de sua vida. Cadernos de anotações de aula, bem como manuscritos referentes aos estudos realizados na França, que não foram publicados. A Subsérie Trabalhos de Terceiros com datas limite entre os anos de 1886 e 1963. O documentos mais antigo deste conjunto, de autoria de Bento Gonçalves Cruz, pai do titular, versa sobre o saneamento da Lagoa Rodrigo de Freitas, e o Relatório Semestral do Instituto Bacteriológico de São Paulo, datado de 1894 e enviado por Adolpho Lutz ao titular, informando sobre os casos de febre amarela e de outras febres não identificadas em São Paulo, no momento que uma das maiores epidemias de febre amarela explodia também no Rio de Janeiro. Este é, provavelmente, o primeiro registro que se tem do intercâmbio de informações entre o titular e o grupo de bacteriologistas de São Paulo, chefiado por Emílio Ribas e do qual também vazia parte Vital Brazil. O intercâmbio intensificar-se-ia no segundo semestre deste mesmo ano quando, juntos, trabalharam no combate à epidemia de cólera do Vale do Paraíba.