Iniciando no período em que esteve em Paris estudando bacteriologia no Instituto Pasteur e era consultado por colegas a respeito de livros e periódicos científicos. A correspondência percorre período significativo de sua trajetória profissional: pedido de envio de tubos com a cultura do bacilo de Yersin (da peste bubônica), pedidos de favores feitos pelo titular ou enviados a ele, convite do governador da Bahia para realizar serviços bacteriológicos não identificados naquele estado, envio de resultado de exames laboratorias, resposta ao ofício de Emílio Ribas, em que este o felicita pela indicação para a Diretoria Geral de Saúde Pública e pela solidariedade quando da implantação das campanhas sanitárias no Rio de Janeiro, carta a Carlos Seidl, diretor do Hospital Afrânio Peixoto, agradecendo palavras de incentivo, carta a Francisco Castro, professor da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, sobre a comissão enviada a Ribeirão das Lajes (RJ) para investigar casos de malária, carta de Bulhões de Carvalho felicitando o titular por representar o Brasil no Convênio Sanitário Sul-Americano, e carta a Gonçalo Muniz enviando estatísticas sobre acidentes com a soroterapia.

Jules Ogier, diretor do Laboratório de Toxicologia de Paris, onde este informa sobre as últimas novidades a respeito do Caso Dreyfuss e a Guerra Anglo-Transvaaliana, além de demonstrar sua preocupação com o titular ao saber que este iria a Santos combater o surto de peste bubônica, relatando seu trabalho como chefe do serviço fotográfico da Prefeitura de Paris. Em resposta, recebe do titular relatos sobre a grande Exposição Comemorativa dos 400 anos do Descobrimento, acrescido de notícias sobre o surto de peste bubônica e casos de febre amarela.

Contendo relatos minuciosos e mapas estatísticos sobre a epidemia, além dos entendimentos entre o titular e Victor Godinho, médico da Santa Casa de Misericórdia de Santos, a respeito da publicação do relatório sobre a doença. Duas cartas enviadas por Nuno de Andrade revelando os primeiros entendimentos entre o ministro da Justiça e Negócios Interiores, J.J. Seabra e o barão de Pedro Affonso para a construção de um instituto soroterápico, do qual o titular seria o diretor técnico após o fim dos trabalhos em Santos. Entre os demais missivistas destacam-se os médicos Eduardo Lopes, Jayme Silvado e Olympio de Niemeyer.

Percorrendo praticamente todo o período em que o titular esteve à frente de Manguinhos, com concentração nos períodos de 1901-1902, 1905-1907, 1910 e 1915. O primeiro período refere-se ao momento em que, após ter realizado estudos em Manguinhos, Henrique da Rocha Lima seguiu para a Alemanha no intuito de estudar bacteriologia no Instituo de Higiene de Berlim, sob a orientação de Martin Ficker, recebendo notícias do titular sobre as pesquisas feitas em Manguinhos sobre a malária, peste bubônica, raiva, filariose, além de informar-lhe sobre a eclosão da pesta bubônica no Rio de Janeiro e sobre a oposição feita ao Instituto. Em dezembro de 1902, após a exoneração do barão de Pedro Affonso da direção do Instituto Soroterápico, o titular, pretendendo ampliar os fins do instituto, convida-o a chefiar os estudos sobre as doenças tropicais, ao mesmo tempo em que lhe pede sua coleção de culturas, e que passe no Instituto Pasteur de Paris e traga amostras da cultura de difteria para iniciar o preparo do soro antidiftérico. O segundo momento descreve os estudos feitos pelo missivista e por Alcides Godoy sobre o carbúnculo sintomático, ou peste da manqueira, que atingia o gado bovino. Os dois cientistas vão para Juiz de Fora para realizar a soro-vacinação anticarbunculosa nos bezerros que, após esta experiência, passaria a fazer parte da pauta de produção de Manguinhos. Em meados de 1906, Henrique da Rocha Lima embarca novamente para a Alemanha, passando antes em Londres, onde procurou o taxonomista Frederick V. Theobald no Museu de História Natural, e em Paris, onde esteve no Instituto Pasteur e ficou surpreso com o culto à personalidade de Pasteur que ali se fazia. Por um breve período permanece no Instituto de Higiene de Berlim, mas logo vai para Munique especializar-se em anatomia patológica com Hermann Duerck, onde poderá também estudar a febre amarela e coletar material para estudo e ensino em Manguinhos. Neste período os dois cientistas trocam informações e respeito das experiências e rotinas que vivenciam em seus respectivos institutos, além de comentar a vida cultural em Munique e Berlim, e acontecimentos como a tramitação do projeto de reformulação de Manguinhos no Senado e a morte do cientista Francisco Fajardo, após ter tomado o soro antipestoso. Em 1907 a correspondência versa essencialmente sobre a participação de Manguinhos no XIV Congresso e na Exposição de Higiene e Demografia de Berlim, onde os trabalhos apresentados foram: "Epidemiologia da peste no Rio" por Figueiredo de Vasconcellos; "Evolução do halterídio do pombo-espirulose das galinhas" por Henrique Aragão; "Contribuição ao estudo químico do bacilo da tuberculose" por Cardoso Fontes; "Mosquitos transmissores do impaludismo no Brasil" e "Profilaxia do impaludismo" por Carlos Chagas e Arthur Neiva e "Profilaxia da febre amarela no Rio de Janeiro" por Oswaldo Cruz. Após a premiação neste evento, há um hiato na correspondência, retornando apenas em 1909, quando o titular informa a seu missivista sobre a nova doença descoberta por Carlos Chagas, que viria a se chamar doença de Chagas ou tripanossomíase americana, cujo relato sairia no segundo número das Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. Na mesma carta, o titular o parabeniza por ter sido convidado por Hermann Duerck a permanecer no Instituto de Patologia de Munique.

Vital Brazil, fundador do Instituto Butantan em São Paulo. Através deste conjunto verificamos o início das pesquisas para a obtenção do soro e da vacina antipestosos nos recém-fundados institutos soroterápicos de Manguinhos e Butantan, cujas trajetórias são, neste momento, bastante parecidas; ambos foram criados durante a mesma crise sanitária e localizados em fazendas fora da área urbana, para evitar contaminação em caso de acidente. Vemos como os dois cientistas foram obrigados a refrear seus ânimos diante da burocracia do Estado, e encontramos neste conjunto o início da discussão a respeito dos diversos processos de preparação do soro antipestoso conhecido então. Através de experiências feitas por Vital Brazil no Butantan, torna-se claro o avanço representado pela produção do produto em Manguinhos, mas cuja dosagem foi estabelecida com mais segurança, o que diminuiu a incidência de acidentes. Esta correspondência registra também o progresso das pesquisas sobre o soro antiofídico realizadas no Instituto Butantan. As datas concentram-se entre 1899 e 1901, mas existe um cartão de 1914 onde o titular envia saudações ao amigo através de seu filho mais velho, Bento.

Contendo pedidos de envio de trabalhos do titular, convocando-o a tomar parte em movimento visando lutar no parlamento americano para provar a eficácia da teoria culicidiana de combate à febre amarela, convidando-o a ser correspondente no Brasil da Société Universelle de la Croix-Blanche de Genéve, convidando cientistas como Stanislas von Prowasek e Hermann Duerck a colaborar com os pesquisadores de Manguinhos, além de registrar um importante intercâmbio científico a respeito de novas descobertas sobre a varíola, a malária e a peste bubônica. Entre os principais missivistas encontram-se N. Bocarius, Stanilas Ciecharnowski, St. Paul Society of Homeopathic Medicine and Surgery, J. Mosny, O. Pertik, R. von Iehring, Ronald Ross e Howard.

Sobre acidentes com a soroterapia antipestosa, pedido de envio de linfa e a vinda da Missão Pasteur ao Brasil para estudar a febre amarela.

Informando que esteve comissionado em Santos para o combate à peste bubônica e que já está trabalhando no Instituto Soroterápico Federal; recebendo de seu missivista um exemplar do periódico francês "Précis de Toxicologie", com seu artigo publicado consagrado ao envenenamento com rícino; agradecendo o apoio moral e científico que o cientista francês prestou aos demais cientistas que formaram a Missão Pasteur.

Emílio Gomes consulta o titular a respeito da vacinação anticarbunculosa e pede sua proteção a determinado estudante de medicina.

Sobre pesquisas com inoculações de soro antipestoso, como também em relação a acidentes decorridos desta aplicação.

Sobre a assinatura de livros e periódicos médicos e científicos internacionais para abastecer e atualizar a Biblioteca de Manguinhos.

Sobre a polêmica científica envolvendo a aplicação de soro antipestoso.

Entre os assuntos tratados destacam-se: notícias sobre a Missão Pasteur, envio de soro antipestoso do Rio de Janeiro a São Paulo (a pedido de Lutz), apresentação de Gonçalo Muniz (da Faculdade de Medicina da Bahia) realizada pelo titular a Adolpho Lutz e Vital Brazil. Muniz havia sido enviado pelo governo da Bahia para colher os dados necessários para a montagem de um instituto soroterápico naquele estado.

Cientistas da Missão Pasteur, sobre a presença de mosquitos vetores da febre amarela em Petrópolis. Em anexo, relatório sobre a campanha de erradicação da febre amarela no Rio de Janeiro.

Carta na qual Arthur Neiva expõe a situação da ciência na Argentina, apontando os principais temas de estudo; os esforços empreendidos pelo Instituto de Bacteriologia argentino no desenvolvimento da medicina experimental; as expedições científicas realizadas por Neiva.

Felicitações ao titular por ele ter sido agraciado pelo governo francês com a Grã Cruz da Legião de Honra. Destacam-se os documentos enviados por Ismael da Rocha, Tavares de Macedo e Paulo de Frontin.

Os documentos registram a expedição aos portos marítimos e fluviais do Brasil, desde o porto de Vitória, passando pelos portos do Nordeste, até Belém e Manaus, a bordo do rebocador República. Os telegramas registram a preocupação do titular com a vigilância sanitária dos portos como meio de evitar a entrada de doenças.

Cartas remetidas a Egydio Salles Guerra e Miguel Pereira, enviando material para tratamento de tuberculosos, a Adolpho Lutz a respeito de estudos sobre mosquitos vetores de doenças, a Henrique da Rocha Lima, sobre a atuação do serviço de impaludismo na zona rural do Rio de Janeiro, a respeito de casos confirmados de peste no Rio de Janeiro, a Emílio Ribas tratando da inclusão do tracoma como doença de notificação compulsória, ao parlamentar Mello Matos a respeito da tramitação do projeto que daria autonomia administrativa e financeira a Manguinhos, transformando-o em Instituto Oswaldo Cruz.

Correspondência contendo os seguintes assuntos: apoio aos estudos sobre a doença de Chagas, a polêmica gerada durante o Primeiro Congresso Médico Pan-Americano em Buenos Aires, em torno da existência ou não da tripanossomíase americana, a Comissão de Profilaxia da Febre Amarela no Pará, a filial do Instituto Oswaldo Cruz em Belo Horizonte, visita de Theodore Roosevelt, ex-presidente dos Estados Unidos a Manguinhos, e de Richard Pearson Strong, chefe da embaixada comercial americana, além de cartas da Liga de Defesa Nacional.

Mensagens de felicitações sobre a posse do titular como prefeito de Petrópolis.