Documentos textuais: reúne documentos que abordam a origem do IOC, fornecendo informações sobre sua criação e funcionamento, e sobre as atividades de pesquisa, ensino, produção e assistência, nas áreas de ciências biomédicas e saúde pública desenvolvidas ao longo do século XX. Abrange, por exemplo, documentos relacionados à administração de pessoal e gestão institucional, em que se destacam: relatórios anuais de atividades; correspondência da Direção (1908-1971); livros e dossiês com assentamentos funcionais; documentos relativos aos concursos públicos para o provimento de cargos de assistente (1917) e chefe de laboratório (1936), bem como o funcionamento dos órgãos subordinados ao IOC e localizados em outras unidades da federação, entre os quais o Hospital Regional de Lassance (MG, 1911-1941), o Instituto de Patologia Experimental do Norte (PA, 1936-1941) e o Instituto Ezequiel Dias (BH, 1936-1941). Inclui ainda documentos sobre o funcionamento e manutenção das instalações do IOC na Ilha dos Pinheiros, na Baía de Guanabara. Destacam-se também relatórios e ordens de serviço referentes à administração de biotérios e à manutenção da segurança do campus de Manguinhos. Sobre os serviços destacam-se laudos de análise de medicamentos; guias de controle da distribuição de penicilina e boletins de exame de ratos (1944-1957), da Divisão de Microbiologia e Imunologia, atividade desenvolvida em parceria com o Serviço Nacional da Peste. Entre os documentos produzidos e acumulados pelos departamentos e laboratórios que desenvolvem atividades de pesquisa encontram-se relatórios e protocolos de experiências, cadernos de protocolo, cadernos de campo e de laboratório, cadernos de necropsias, artigos científicos, cartas, formulários com resultados de exames, exames diagnósticos e livros de registro, entre outros. Quanto aos serviços de assistência médica destacam-se os documentos do Hospital Evandro Chagas, como prontuários médicos de portadores de doença de Chagas. Sobre as atividades de ensino desenvolvidas no IOC os documentos refletem aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos desenvolvidos desde a década de 1910 (1908-1969) e do Curso Especializado de Higiene e Saúde Pública.
Documentos iconográficos: reúne fotografias que retratam as atividades desenvolvidas pelo IOC (1873-1980) desde sua criação, como a construção de seus pavilhões; aspectos gerais do campus e arredores; principais personagens, entre eles pesquisadores, técnicos, alunos e funcionários; expedições científicas e material coletado; campanhas sanitárias; visitantes ilustres; aspectos técnicos
e científicos das pesquisas; produção de imunobiológicos e de fármacos; pacientes e eventos. Inclui também imagens da atuação de Oswaldo Cruz e Carlos Chagas e de diplomas, condecorações, títulos e registros de participação em sociedades científicas. O fundo contém esboço do futuro Pavilhão Mourisco feito por Oswaldo Cruz, desenhos com detalhes das edificações do IOC, do Pavilhão da Exposição de Dresden, da descrição morfológica de insetos e helmintos pertencentes à documentação produzida e acumulada no âmbito das coleções científicas de entomologia e helmintologia, além de cartazes de eventos científicos, de cursos e das Memórias do Instituto Oswaldo Cruz.
Documentos cartográficos: reúne mapas de vários estados brasileiros com representações de registros epidemiológicos, indicando áreas de incidência da febre amarela, e plantas com perspectiva geral e detalhes de fachadas e pavimentos das construções dos primeiros pavilhões e do edifício principal do conjunto histórico do IOC. Inclui também levantamentos topográficos da área; planta da residência de Oswaldo Cruz no bairro de Botafogo; plantas da fazenda Manguinhos e do campus da Fiocruz (1903-1932).
Documentos sonoros: reúne registro dos discursos da cerimônia de posse da diretoria do IOC em 28 de abril de 1989.
Documentos audiovisuais: reúne filmes produzidos em 1911. O primeiro, intitulado Chagas em Lassance, mostra Carlos Chagas e doentes estudados por ele em Lassance (MG), região onde, em 1909, foi descoberta a doença que leva seu nome. Provavelmente Carlos Chagas exibiu esse filme nas suas aulas e também na Academia Nacional de Medicina. O segundo filme, Serviço de Febre Amarela, apresenta imagens do Serviço de Profilaxia da Febre Amarela, da ação dos guardas sanitários no combate ao mosquito transmissor e das diversas técnicas de desinfecção das casas, da cobertura das casas com pano americano, do isolamento dos doentes, do aparelho Clayton, e do nascimento do mosquito Aedes aegypti. Os filmes foram apresentados por Oswaldo Cruz na Exposição Internacional de Higiene, realizada em 1911 em Dresden, Alemanha.

Reúne cartas, artigos, abaixo-assinados, apontamentos, anais de evento, atas, balancetes, cartões, convites, declarações, discursos, ensaios, estatutos, folhetos, recibos, recortes de jornais e revistas, publicações, prospectos, relatórios de atividade, telegramas, fotografias, desenho, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico, gestor e membro de instituições e associações científicas, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, telegramas, bilhetes, convites, cartões-postais, discursos, conferências, diplomas, certificados, declarações, currículos, projetos de pesquisa, comunicações, artigos científicos, programas de eventos, notas para imprensa, protocolos de pesquisa, atas de reunião, entrevistas, relatórios de atividades, jornais, informativos, fotografias, recortes de jornais e revistas, passaportes, mensagens por fax e cartazes, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor, pesquisador, dirigente e membro de numerosas instituições e associações científicas, acadêmicas e culturais, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, cartões-postais, bilhetes, ofícios, telegramas, certidões, nomeações, conferências, discursos, relatórios, decretos, folhetos, catálogos, cadernos de aulas, cadernos de anotações, textos e artigos científicos, orçamentos, projetos, resumos, fotografias, desenhos e recortes de jornais e revistas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e diretor do Instituto Oswaldo Cruz, diretor da Diretoria Geral de Saúde Pública e prefeito de Petrópolis, bem como representante do Brasil em eventos no exterior.

Reúne cartas, telegramas, ofícios, relatórios de atividades, atas, nomeações, currículos, textos e artigos científicos, discursos, conferências, diplomas, designações, declarações, apostilas, fotografias, caricaturas, periódicos, recortes de jornais e folhetos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador assistente, chefe de serviço e diretor do Instituto Oswaldo Cruz, diretor da Diretoria Geral de Saúde Pública, diretor do Departamento Nacional de Saúde Pública, professor catedrático da Universidade do Rio de Janeiro, diretor do Centro Internacional de Leprologia, membro do Comitê de Higiene da Liga das Nações e de diversas sociedades e associações científicas, bem como representante do Brasil em eventos no exterior.

Reúne cartas, ofícios, memorandos, circulares, telegramas, portarias, recortes de jornais, recibos de pagamento, artigos científicos, currículos, planos de aula, certificados e programas de eventos, declarações, fotografias, projetos, propostas, relatórios e textos de pesquisas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor, pesquisador e gestor da área de saúde pública.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, artigos científicos, discursos, fotografias, desenhos, relatórios de atividades, certificados, declarações, programas de eventos, apostilas de curso, informativos, recortes de jornal e revistas, entre outros documentos referentes á vida pessoal e á trajetória profissional do titular como pesquisador, professor, gestor e membro de instituições e associações científicas, entre elas o Instituto Oswaldo Cruz e a Sociedade Brasileira de Zoologia.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, artigos científicos, discursos, fotografias, desenhos, estudos de caso, cartões-postais, cédulas de identidade, passaportes, relatórios de atividades, certificados, declarações, programas de eventos, negativos de vidro, apostilas de curso, informativos, diapositivos, ensaios, crachás, recortes de jornal e revistas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador, professor, gestor e membro de instituições e associações científicas, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, ofícios, aerogramas, artigos científicos, currículos, certificados, portarias, diplomas, certificados, programas de eventos, recortes de jornais e revistas, projetos, fotografias, desenhos, diapositivos e comunicações em eventos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional da titular como pesquisadora do Instituto Oswaldo Cruz nas áreas de anatomia e histologia de insetos e cracas.

Reúne cartas, cartões-postais, telegramas, currículos, discursos, fotografias, desenhos, diários de campo, artigos científicos, notas para imprensa e recortes de jornais e revistas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular nas áreas de entomologia e parasitologia.

Reúne cartas, telegramas, circulares, ofícios, memorandos, diários, relatórios, decretos, artigos científicos, textos de pesquisa, teses, álbuns de recortes de jornais, fotografias, listas de controle de animais, fichas de exame anatomopatológicos, protocolos de necropsia, planos de combate de endemias, balanços, recibos de pagamento, designações, plantas e mapas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e formulador de políticas de combate às grandes endemias nacionais.

Reúne cartas, cartões, telegramas, certificados, poemas, discursos, conferências, currículos, históricos, relatórios de atividades, pareceres, resumos, textos e artigos científicos, livros de protocolo, desenhos científicos, fotografias, transparências, planos e projetos de pesquisa, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador das áreas de parasitologia e entomologia médica.

Reúne passaportes, carteiras de trabalho, cartas, fotografias, diapositivos, negativos de vidro, recortes de jornais, certificados, ofícios, memorandos, artigos científicos, contratos de trabalho e relatórios de atividades, entre outros documentos referentes à vida pessoal e a trajetória profissional do titular como professor e pesquisador de instituições brasileiras e estrangeira.

Reúne cartas, ofícios, teses, artigos científicos, currículos, diplomas, certificados, atas, recortes de jornais e revistas, fotografias, programas de eventos, discursos, relatórios de atividades e informativos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico tisiologista e gestor de instituições de ensino e saúde pública.

Reúne cartas, ofícios, memorandos, telegramas, folhetos, relatórios de atividades, fotografias, diapositivos, currículos, certificados, diplomas, artigos científicos, publicações, informativos, programas de eventos, conferências, cartazes, recortes de jornais e revistas, plantas e comunicações em eventos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional da titular na área de educação em saúde no Brasil e exterior.

Reúne documentos produzidos e acumulados pela titular do arquivo ao longo de sua trajetória pessoal e profissional, incluindo os documentos relativos à sua formação profissional e acadêmica. São fotografias, correspondência, recortes de jornais, panfletos, ilustrações, desenhos, gravações de canções, dentre outros, com destaque para um diário sobre a sua participação como enfermeira da Força Expedicionária Brasileira (FEB) durante a participação brasileira na II Guerra Mundial.

Reúne cartas, relatórios de atividades, informativos, revistas, recortes de jornais, comunicações em eventos, projetos de pesquisas, publicações e artigos científicos, entre outros documentos referentes à trajetória profissional da titular na área dos estudos em saúde reprodutiva.

Reúne artigos científicos, cartões, cartas, recortes de jornais, ensaios, noticiários, dissertações, publicações ("Espaço & Debate", "Vidas em risco", "Brazil: war on children", "Children without a future", "Medio ambiente y urbanizacion", "Cadernos da Cidade", "Shantytown protest in Pinochet's Chile", "The Latin American city", "Nuevas políticas urbanas: las ONG y los gobiernos municipales en la democratización latinoamericana"), revistas, prospectos, revista CEAP, estatutos, informativos, projetos, teses, entrevistas, mensagens por e-mail, cartazes, jornais, relatórios de atividades e bilhetes referentes à trajetória profissional da titular no campo das ciências sociais.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, declarações, certificados, artigos científicos, relatórios de atividades e informativos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional da titular como pesquisadora na área de helmintologia.

Reúne cartas, relatórios de atividades, revistas, publicações, jornais, fotografias, informativos, recortes de jornais e revistas, artigos científicos e programas de eventos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e á trajetória profissional do titular como professor, pesquisador e gestor de instituições de saúde pública.

Reúne imagens referentes às obras de restauração (levantamento diagnóstico, intervenções e seus resultados) dos prédios históricos da Fundação Oswaldo Cruz, especificamente o campus Manguinhos, e imagens referentes a sua tese de doutorado.

Reúne cartas, artigos científicos, informativos, resumos, recortes de jornais, fotografias e videos, entre outros documentos referentes à trajetória profissional da titular como pesquisadora na área de entomologia, com ênfase nos estudos sobre flebotomíneos, insetos vetores da leishmaniose.

Reúne fotografias referentes às ações empreendidas pela Fundação Rockefeller no Brasil, com ênfase no Rio de Janeiro, Bahia e Ceará e, em menor medida, na América Latina. Registram desde as pesquisas científicas, o processo de fabricação de vacina antiamarílica e os serviços de combate à febre amarela e à malária, até aspectos das regiões do país onde a instituição atuou.

Reúne cartas, telegramas, cartões, discursos, relatórios, demonstrativos financeiros, folhetos, artigos, recortes de jornais, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular nos processos de formulação e implantação de políticas de saúde pública no Brasil.

Reúne, cartas, ofícios, certificados, diplomas, portarias, currículos, informativos, discursos, recortes de jornais, prospectos, folhetos, projetos, notas para a imprensa, livros, ensaios e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico sanitarista, professor, secretário de saúde de Bauru e Santos e prefeito desta última cidade.

Reúne cartas, artigos, abaixo-assinado, apontamentos, cartões, convites, declarações, discursos, recibos, recortes de jornais, periódicos, publicações, testamentos fotografias, pinturas, daguerreótipo, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico, professor e membro de instituições e associações científicas, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, relatórios de atividades, manuais, mapas, plantas, comunicações em eventos, atas de reuniões, projetos, artigos científicos, mensagens por fax, certificados e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como engenheiro, professor e pesquisador na área de saúde pública.

Reúne fotografias, cartões-postais, recortes de jornais, mapas, estatísticas de saúde e currículo referentes à trajetória profissional do titular como acadêmico microscopista, médico auxiliar e chefe de postos de profilaxia rural e centros médicos da Zona Oeste do Rio de Janeiro.

Reúne cartas, telegramas, memorandos, convites, artigos científicos, discursos, apontamentos, teses, dissertações, projetos, fotografias, mapas, plantas, relatórios de atividades, informativos, entrevistas, programas de eventos, atas de reunião, recortes de jornais e revistas, entre outros documentos referentes à trajetória das pesquisas desenvolvidas pelo titular e sua mulher, no Brasil e na América Latina, cujas temáticas abrangeram as ocupações urbanas desordenadas e marginalizadas – favelas, vilas, tugúrios e barriadas –, as políticas habitacionais da região nas décadas de 1960 a 1980, e a atuação dos movimentos sociais e dos órgãos governamentais e não governamentais em favelas e outras formas de habitação popular no Brasil.