Documentos textuais: reúne documentos que abordam a origem do IOC, fornecendo informações sobre sua criação e funcionamento, e sobre as atividades de pesquisa, ensino, produção e assistência, nas áreas de ciências biomédicas e saúde pública desenvolvidas ao longo do século XX. Abrange, por exemplo, documentos relacionados à administração de pessoal e gestão institucional, em que se destacam: relatórios anuais de atividades; correspondência da Direção (1908-1971); livros e dossiês com assentamentos funcionais; documentos relativos aos concursos públicos para o provimento de cargos de assistente (1917) e chefe de laboratório (1936), bem como o funcionamento dos órgãos subordinados ao IOC e localizados em outras unidades da federação, entre os quais o Hospital Regional de Lassance (MG, 1911-1941), o Instituto de Patologia Experimental do Norte (PA, 1936-1941) e o Instituto Ezequiel Dias (BH, 1936-1941). Inclui ainda documentos sobre o funcionamento e manutenção das instalações do IOC na Ilha dos Pinheiros, na Baía de Guanabara. Destacam-se também relatórios e ordens de serviço referentes à administração de biotérios e à manutenção da segurança do campus de Manguinhos. Sobre os serviços destacam-se laudos de análise de medicamentos; guias de controle da distribuição de penicilina e boletins de exame de ratos (1944-1957), da Divisão de Microbiologia e Imunologia, atividade desenvolvida em parceria com o Serviço Nacional da Peste. Entre os documentos produzidos e acumulados pelos departamentos e laboratórios que desenvolvem atividades de pesquisa encontram-se relatórios e protocolos de experiências, cadernos de protocolo, cadernos de campo e de laboratório, cadernos de necropsias, artigos científicos, cartas, formulários com resultados de exames, exames diagnósticos e livros de registro, entre outros. Quanto aos serviços de assistência médica destacam-se os documentos do Hospital Evandro Chagas, como prontuários médicos de portadores de doença de Chagas. Sobre as atividades de ensino desenvolvidas no IOC os documentos refletem aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos desenvolvidos desde a década de 1910 (1908-1969) e do Curso Especializado de Higiene e Saúde Pública.
Documentos iconográficos: reúne fotografias que retratam as atividades desenvolvidas pelo IOC (1873-1980) desde sua criação, como a construção de seus pavilhões; aspectos gerais do campus e arredores; principais personagens, entre eles pesquisadores, técnicos, alunos e funcionários; expedições científicas e material coletado; campanhas sanitárias; visitantes ilustres; aspectos técnicos
e científicos das pesquisas; produção de imunobiológicos e de fármacos; pacientes e eventos. Inclui também imagens da atuação de Oswaldo Cruz e Carlos Chagas e de diplomas, condecorações, títulos e registros de participação em sociedades científicas. O fundo contém esboço do futuro Pavilhão Mourisco feito por Oswaldo Cruz, desenhos com detalhes das edificações do IOC, do Pavilhão da Exposição de Dresden, da descrição morfológica de insetos e helmintos pertencentes à documentação produzida e acumulada no âmbito das coleções científicas de entomologia e helmintologia, além de cartazes de eventos científicos, de cursos e das Memórias do Instituto Oswaldo Cruz.
Documentos cartográficos: reúne mapas de vários estados brasileiros com representações de registros epidemiológicos, indicando áreas de incidência da febre amarela, e plantas com perspectiva geral e detalhes de fachadas e pavimentos das construções dos primeiros pavilhões e do edifício principal do conjunto histórico do IOC. Inclui também levantamentos topográficos da área; planta da residência de Oswaldo Cruz no bairro de Botafogo; plantas da fazenda Manguinhos e do campus da Fiocruz (1903-1932).
Documentos sonoros: reúne registro dos discursos da cerimônia de posse da diretoria do IOC em 28 de abril de 1989.
Documentos audiovisuais: reúne filmes produzidos em 1911. O primeiro, intitulado Chagas em Lassance, mostra Carlos Chagas e doentes estudados por ele em Lassance (MG), região onde, em 1909, foi descoberta a doença que leva seu nome. Provavelmente Carlos Chagas exibiu esse filme nas suas aulas e também na Academia Nacional de Medicina. O segundo filme, Serviço de Febre Amarela, apresenta imagens do Serviço de Profilaxia da Febre Amarela, da ação dos guardas sanitários no combate ao mosquito transmissor e das diversas técnicas de desinfecção das casas, da cobertura das casas com pano americano, do isolamento dos doentes, do aparelho Clayton, e do nascimento do mosquito Aedes aegypti. Os filmes foram apresentados por Oswaldo Cruz na Exposição Internacional de Higiene, realizada em 1911 em Dresden, Alemanha.

Reúne cartas, ofícios, memorandos-circulares, cadernos de apontamentos, declarações, recortes de jornais, currículos, relatórios de pesquisa, publicações, artigos científicos, apostilas de curso, cadernos de protocolo de pesquisa, fotografias, discursos e ensaios, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador na área de química orgânica e saúde pública, bem como no tratamento e controle da hanseníase.

Reúne cartas, telegramas, cartões-postais, memorandos, ofícios, fotografias, diapositivos, artigos científicos, ensaios, discursos, diplomas, certificados, recortes de jornais, informativos, cadernos de protocolo de pesquisa e relatórios de atividades, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador nas áreas de fisiologia e farmacologia no Instituto Oswaldo Cruz e na Universidade Centro-Ocidental Lisandro Alvarado.

Reúne cartas, oficios, memorandos, relatórios de atividades, declarações, atas de reunião, resumos, recortes de jornais, artigos científicos, publicaçôes e informativos, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular como pesquisador e membro de associações científicas.

Reúne cartas, cartões, oficios, cartões-postais, telegramas, recortes de jornais, fotografias, discursos, decretos, conferências, convênios, relatórios de atividades, entrevistas, artigos científicos, protocolos de pesquisa e cadernos de apontamentos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e chefe da Seção de Hematologia e da Divisão de Patologia do Instituto Oswaldo Cruz.

Reúne cartas, convites, telegramas, programas de cursos, prontuários, laudos, relatórios, currículos e históricos, artigos científicos, comunicações, fotografias e recortes de jornais, entre outros documentos referentes à vida pessoal e trajetória profissional do titular como médico, pesquisador e professor na área de tratamento e controle da hanseníase.

Reúne cartas, ofícios, memorandos, telegramas, convites, relatórios, artigos científicos, fotografias, currículos, informativos, recortes de jornais e de revistas, discursos, certificados e atas de reunião, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e professor do Instituto Oswaldo Cruz.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, certificados, diplomas, currículos, declarações, projetos e relatórios de pesquisa, requisições e registros de exames laboratoriais, textos e artigos científicos, fotografias, desenhos, periódicos, recortes de jornais, folhetos e cartazes, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico e pesquisador na área de doenças tropicais.

Reúne cartas, relatórios de atividades, publicações, artigos científicos, recortes de jornais e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador da área de saúde pública.

Reúne cartas, cartões-postais, bilhetes, ofícios, telegramas, certidões, nomeações, conferências, discursos, relatórios, decretos, folhetos, catálogos, cadernos de aulas, cadernos de anotações, textos e artigos científicos, orçamentos, projetos, resumos, fotografias, desenhos e recortes de jornais e revistas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e diretor do Instituto Oswaldo Cruz, diretor da Diretoria Geral de Saúde Pública e prefeito de Petrópolis, bem como representante do Brasil em eventos no exterior.

Reúne teses, relatórios de atividades, projetos, discursos, recortes de jornais, conferências, artigos científicos, revistas e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador do Instituto Oswaldo Cruz e de outras instituições de ensino e pesquisa do Rio de Janeiro.

Reúne cartas, cartões, telegramas, certificados, poemas, discursos, conferências, currículos, históricos, relatórios de atividades, pareceres, resumos, textos e artigos científicos, livros de protocolo, desenhos científicos, fotografias, transparências, planos e projetos de pesquisa, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador das áreas de parasitologia e entomologia médica.

Reúne carteiras de identidade, designações, declarações, cartas, certificados, currículos, diplomas, artigos científicos, ofícios, relatórios de atividades, ensaios, revistas, atas de defesa de dissertação e listas de publicações, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e professor da área de saúde pública, sendo os principais objetos de seus estudos os seres que habitam o meio aquático, de águas doces ou marinhas.

Reúne cartas, ofícios, artigos científicos, certidões, diplomas, nomeações, resoluções, portarias, fotografias e recortes de jornais, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador nas áreas de zoologia médica, parasitologia e helmintologia.

Reúne cartas, ofícios, fotografias, cartões-postais, publicações, artigos científicos, recortes de jornal, imagens impressas, certificados, diplomas, relatórios de atividades, ensaios, revistas e projetos de pesquisa, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória do titular como professor, pesquisador e gestor na área de saúde pública, com ênfase no estudo e controle da tuberculose.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, artigos científicos, discursos, fotografias, desenhos, relatórios de atividades, certificados, declarações, resoluções, programas de eventos, apostilas de curso, pareceres, informativos, recortes de jornal e revistas, entre outros documentos referentes á vida pessoal e á trajetória profissional do titular como pesquisador, professor, gestor e membro de instituições e associações científicas, entre elas o Instituto Oswaldo Cruz e a Sociedade Brasileira de Zoologia.

Reúne cartas, certificados, diplomas, recortes de jornais, artigos científicos, publicações e ensaios, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular como pesquisador de instituições científicas nacionais e internacionais.

Reúne agendas, artigos científicos, cadernos de apontamentos, cartas, cartões-postais, cartões de visita, certificados, convites, currículo, diários, diplomas, portarias, relatórios de atividades, diplomas, recortes de jornais e revistas, informativos, entrevistas, livros de protocolo e registro, memorial descritivo, projetos de pesquisa e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador, gestor de laboratórios, departamento, comissões e presidente da Fundação Oswaldo Cruz.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, artigos científicos, discursos, fotografias, desenhos, estudos de caso, cartões-postais, cédulas de identidade, passaportes, relatórios de atividades, certificados, declarações, programas de eventos, negativos de vidro, apostilas de curso, informativos, diapositivos, ensaios, crachás, recortes de jornal e revistas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador, professor, gestor e membro de instituições e associações científicas, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, ofícios, diplomas, relatórios de atividades, artigos científicos, comunicações em eventos, recortes de jornais e revistas, designações e fotografias, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular na área da pesquisa em doença de Chagas.

Reúne fotografias referentes à trajetória do titular como pesquisador do Instituto Oswaldo Cruz, coordenador do Programa de Erradicação da Bouba, chefe do gabinete do Ministério da Saúde, bem como outras atividades profissionais e homenagens a ele conferidas.

Reúne cartas, telegramas, circulares, ofícios, memorandos, diários, relatórios, decretos, artigos científicos, textos de pesquisa, teses, álbuns de recortes de jornais, fotografias, listas de controle de animais, fichas de exame anatomopatológicos, protocolos de necropsia, planos de combate de endemias, balanços, recibos de pagamento, designações, plantas e mapas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e formulador de políticas de combate às grandes endemias nacionais.

Reúne cartas, cartões-postais, telegramas, recortes de jornais, fotografias, desenhos, discursos, artigos científicos, publicações, discursos e ensaios, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador, professor e diretor de cursos sobre saúde pública, com ênfase no estudo, combate e controle da doença de Chagas no Brasil.

Reúne cartas, ofícios, aerogramas, artigos científicos, currículos, certificados, portarias, mensagens por e-mail, diplomas, certificados, programas de eventos, recortes de jornais e revistas, projetos, fotografias, desenhos, diapositivos e comunicações em eventos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional da titular como pesquisadora do Instituto Oswaldo Cruz nas áreas de anatomia e histologia de insetos e cracas.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, declarações, certificados, artigos científicos, relatórios de atividades e informativos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional da titular como pesquisadora na área de helmintologia.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, circulares, currículos, catálogos de equipamentos e de produtos de laboratório, projetos de pesquisa, relatórios, patentes, certificados, cadernos de protocolo, periódicos, fotografias, diapositivos, teses, textos e artigos científicos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor, pesquisador e gestor na Universidade de Brasília e na Fundação Oswaldo Cruz.

Reúne cartas, telegramas, ofícios, relatórios de atividades, atas, nomeações, currículos, textos e artigos científicos, discursos, conferências, diplomas, designações, declarações, apostilas, fotografias, caricaturas, periódicos, recortes de jornais e folhetos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador assistente, chefe de serviço e diretor do Instituto Oswaldo Cruz, diretor da Diretoria Geral de Saúde Pública, diretor do Departamento Nacional de Saúde Pública, professor catedrático da Universidade do Rio de Janeiro, diretor do Centro Internacional de Leprologia, membro do Comitê de Higiene da Liga das Nações e de diversas sociedades e associações científicas, bem como representante do Brasil em eventos no exterior.

Reúne cartas, ofícios, recortes de jornais, noticiários, faturas, recibos, necrológicos, certificados, bulas, fotografias, cadernos de apontamentos, publicações, artigos científicos, certificados e prospectos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor, pesquisador e gestor.

Reúne cartas, ofícios, cartões-postais, telegramas, currículos, discursos, fotografias, desenhos, diários de campo, artigos científicos, conferências, notas para imprensa e recortes de jornais e revistas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular nas áreas de entomologia e parasitologia.

Reúne, cartas, ofícios, certificados, diplomas, portarias, currículos, informativos, discursos, recortes de jornais, prospectos, folhetos, projetos, notas para a imprensa, livros, ensaios e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico sanitarista, professor, secretário de saúde de Bauru e Santos e prefeito desta última cidade.