A seção é constituída por documentos referentes ao Congresso Interno, Núcleo Central de Decisões e Conselhos Técnico-Científico, Administrativo e Deliberativo da instituição, bem como processos eleitorais para o cargo de presidente da Fiocruz.

Reúne correspondência incluindo principalmente ofícios, cartas, telegramas, memorandos e cartas-circulares; documentação jurídica, englobando cópias, minutas de projetos de leis e decretos, atos e portarias; programas; projetos; relatórios; pareceres; convênios; contratos; atas; demonstrativos contábeis e financeiros, entre outros documentos produzidos ou recebidos pela Presidência da Fiocruz e pelos seus órgãos de assessoramento imediato.
Referem-se sobretudo às atividades de planejamento e gestão superior da instituição. Destacam-se aquelas relativas às ações consideradas prioritárias e de caráter estratégico no que diz respeito à estruturação organizacional da instituição, às suas instalações físicas e seu aparelhamento operacional, à programação e ao desenvolvimento de suas atividades finalísticas, ao atendimento de necessidades de recursos humanos. No que concerne ao planejamento e à execução das atividades finalísticas destacam-se os documentos de caráter programático, tais como planos, programas e projetos, além de relatórios que assinalam, em termos gerais, os resultados obtidos. Entre aqueles estão incluídos os que registram as relações de cooperação interinstitucional mantidas pela instituição, assim como a sua inserção em políticas de âmbito nacional e regional.

Incluindo decreto n.º 6891 que aprova a mudança de nome do
Instituto de Patologia Experimental de Manguinhos para Instituto Oswaldo Cruz - IOC e seu regulamento; lei n.º 5019 que cria a Fundação de Ensino Especializado de Saúde Pública - Fensp e outras providências; portaria, ordens de serviço e resoluções expedidas pela Fensp versando sobre questões funcionais de âmbito interno.

Incluindo convênio de intercâmbio cultural entre Estados Unidos do Brasil e o Estado de Israel; termo de convênio para o progresso das ciências entre a República Federal da Alemanha e o Conselho Nacional de Pesquisas - CNPq do Brasil para a execução de pesquisas na região amazônica.

No campo da educação e convênio entre o Departamento de
Ensino Médio do Ministério da Educação e Cultura e o Instituto Presidente Castelo Branco - IPCB da Fiocruz para execução de manuais didáticos destinados ao Programa Intensivo de Preparação da Mão-de-obra - PIPMO.

Decretos e decretos-lei publicados em diário oficial versando sobre aprovação do estatuto da Fiocruz; organização administrativa do Ministério da Saúde; transformação de cargos em comissão no quadro de pessoal do Ministério da Saúde; sobre afastamento para o exterior de servidor ou empregado público da administração direta e indireta e estabelecimento do plano para execução da política salarial do serviço civil do Poder Executivo.

Pareceres expedidos pela consultoria da Fiocruz
versando sobre questões diversas; memorando enviado ao Presidente da Fiocruz versando sobre situação das reclamatórias trabalhistas propostas contra à Fiocruz, "exposição de motivos" orientando sobre procedimentos legais que deverão ser adotados em decorrência da criação da Fiocruz; além de minutas, notas e orientações sobre questões jurídicas.

Versando sobre cursos, credenciamento de funcionários, bolsas de estudos, agradecimentos, encaminhamento de relação e encaminhamento de relatório de atividades da Ensp e Fundações que a absorveram no quadriênio 1966-1969.

Versam sobre diversos assuntos relacionados à Fiocruz, destacando-se os projetos de regimento dos Instituto Evandro Chagas, Instituto Fernando Figueiras - IFF, Instituto Nacional de Endemias Rurais - Ineru e Instituto de Leprologia, anexos aos ofícios enviados ao Ministro para avaliação e aprovação; questões relativas aos vencimentos de diretoria, assessores e chefes, entre outros.

Inclui também ofícios dirigidos a outros órgãos da Instituição como a Fensp e o IOC e ainda correspondência do Dr. Guillardo de Martins Alves, então reitor da Universidade Federal da Paraíba - UFPB ao Governador do Estado, além de solicitação de bolsas e vagas.

Recebida pela presidência da Fiocruz, versando sobre congratulações e agradecimento ao recebimento da comunicação da posse do Dr. Oswaldo Cruz Filho no cargo de Presidente da Fiocruz; convite da Academia Nacional de Medicina para solenidade de posse dos membros honorários e correspondentes; comunicação da instalação da Superintendência de Campanhas de Saúde Pública na cidade do Rio de Janeiro e cumprimentos e comunicação de homenagem póstuma dos eminentes professores e cientistas Lauro Travassos e João Ferreira Teixeira de Freitas pelo Conselho Estadual de Cultura.

Incluindo carta-convênio estabelecendo bases de cooperação entre o governo da República Federativa do Brasil, através da Fiocruz e a Organização Pan-americana da Saúde - Opas/Organização Mundial da Saúde - OMS, versando sobre vacina anti-rábica de uso humano; parecer relativo ao convênio entre o Ministério da Saúde e a Fiocruz para execução de programa de pesquisa e produção de medicamentos, termo de convênio entre a Fiocruz e o Instituto Superior da Saúde de Roma visando a realização de intercâmbio científico, no campo da química e convênio entre o PIPMO do Departamento de Ensino Médio do Ministério da Educação e Cultura - MEC e o IPCB.

Versando sobre visitas de militares e de estudantes de nível médio e superior às instalações de Manguinhos comunicações de posse de presidentes e diretorias de associações científicas, profissionais e culturais, assim como de órgãos da administração federal e estadual; convocações para reuniões em nível ministerial; comunicações sobre a realização de eventos científicos, cívicos e culturais e o desenvolvimento de Programas científicos. Além de celebração de convênios de cooperação Técnico-científica.