Os documentos encontram-se organizados em séries e subséries que refletem as funções e atividades desempenhadas pelo Departamento de Imunologia. A partir do estudo da estrutura, da correspondência e da análise dos documentos, foram estabelecidas as seguintes séries: Administração Geral; Ensino; Eventos; Produção Científica; e Correspondência.

Reúne cartas, telegramas, cartões-postais e fotografias produzidas e acumuladas pela direção do Departamento de Helmintologia.
Merece destaque o intercâmbio científico mantido por J. F. Teixeira de Freitas com pesquisadores brasileiros e estrangeiros.

Reúne correspondência, projetos de pesquisa, periódicos, separatas, patentes, fotografias, material de eventos acadêmico-científicos, textos e relatórios produzidos e acumulados pela direção do Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular.
Merecem destaque os programas e projetos desenvolvidos pelo Departamento através do intercâmbio e de convênios firmados com instituições de pesquisa brasileiras e estrangeiras, tais como o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, a Organização Mundial de Saúde e a Universidade da Califórnia, para a aplicação das potencialidades oferecidas pela engenharia genética ao estudo das doenças endêmicas brasileiras. Entre os projetos pode-se citar: Engenharia Genética e Tripanosomatídeos; criação do Instituto de Engenharia Genética (Gene-Manguinhos); Determinação de Seqüência de Bases de Fragmentos de Ácido Desoxirribonucléico Purificados por Clonagem Molecular e Tripanosomatídeos de Interesse Médico - Caracterização Taxionômica e Filogenética por análise ao nível do genótipo.
Incluem-se , também, documentos referentes ao desenvolvimento de pesquisas, correspondência entre pesquisadores e instituições, fontes de referência, versões preliminares e finais de trabalhos, artigos e relatórios, que foram reunidos em pastas individuais ao longo das atividades técnico-científicas de seus profissionais, e mantidas em sua integridade no processo de ordenação do fundo.
Encontram-se, ainda, documentos pertinentes à administração geral do DBBM, que de forma abrangente contemplam a aquisição e o controle de materiais e equipamentos de laboratório, os demonstrativos de dotação e execução orçamentária, assentamentos individuais, além de alguns aspectos relacionados à organização e ao funcionamento da Fiocruz.

Reúne prontuários médicos com informações referenciais dos pacientes internados no Hospital Evandro Chagas. Constam dos prontuários os antecedentes familiares e pessoais do doente, histórico da moléstia, observações clínicas e diagnóstico. Acompanham os documentos formulário com anotações sobre o cotidiano do paciente internado, resultados de exames e fotografias. Cabe assinalar que o preenchimento dos campos nem sempre foi feito com regularidade.

A documentação reflete aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos do IOC. Contempla fichas de alunos com informações pessoais e sobre a sua formação, ocupação e desempenho no curso, dossiês de alunos contendo declarações; atestados e provas; atas e livros de atas que arrolam informações sobre a frequência e o desempenho dos alunos, assim como a realização de concursos de seleção. Contém, também, livros de assentamento de alunos e de registro de diplomas, certificados e aulas ministradas. Os documentos diversos incluem relatórios anuais, regimentos internos e correspondência do diretor do IOC e da coordenação referentes a aspectos vários da administração dos cursos. A documentação relativa ao Curso de Higiene e Saúde Pública inclui atas de exames, ofícios, relatórios, folhetos informativos, relação de alunos e programas de cursos.

Reúne correspondência, textos, programas, projetos, documentos de trabalho decorrentes das atividades desenvolvidas pelo Daps nas áreas biomédica e da Saúde Pública, e documentos relativos aos cursos de Pós-Graduação Lato Sensu e Strictu Sensu, Aperfeiçoamento e Básicos Regionalizados de Saúde Pública ministrados na própria Ensp ou em outras cidades que tenham mantido convênio com a instituição.
Inclui também documentos de caráter técnico-administrativo, como circulares, memorandos, ofícios, regulamentos e normas para funcionamento dos cursos, regimentos referentes a normas de funcionamento do Departamento de Administração e Planejamento em Saúde, relatórios das atividades desenvolvidas na Ensp e na FIOCRUZ.

A documentação reúne atos oficiais e outros documentos formais expedidos pela direção do IOC, desde as suas origens até a sua incorporação à Fiocruz, normatizando procedimentos e informando sobre a vida funcional dos servidores. Inclui ainda a correspondência expedida pela direção, pelo Serviço de Administração e outros órgãos do Instituto, refletindo as várias atividades desenvolvidas ao longo do período, tais como: remessas de vacinas, laudos de análises de preparados, visitas de pesquisadores estrangeiros ao IOC, realização de cursos. A documentação inclui também a carta-testamento de Oswaldo Cruz.

Reúne correspondência incluindo principalmente ofícios, cartas, telegramas, memorandos e cartas-circulares; documentação jurídica, englobando cópias, minutas de projetos de leis e decretos, atos e portarias; programas; projetos; relatórios; pareceres; convênios; contratos; atas; demonstrativos contábeis e financeiros, entre outros documentos produzidos ou recebidos pela Presidência da Fiocruz e pelos seus órgãos de assessoramento imediato.
Referem-se sobretudo às atividades de planejamento e gestão superior da instituição. Destacam-se aquelas relativas às ações consideradas prioritárias e de caráter estratégico no que diz respeito à estruturação organizacional da instituição, às suas instalações físicas e seu aparelhamento operacional, à programação e ao desenvolvimento de suas atividades finalísticas, ao atendimento de necessidades de recursos humanos. No que concerne ao planejamento e à execução das atividades finalísticas destacam-se os documentos de caráter programático, tais como planos, programas e projetos, além de relatórios que assinalam, em termos gerais, os resultados obtidos. Entre aqueles estão incluídos os que registram as relações de cooperação interinstitucional mantidas pela instituição, assim como a sua inserção em políticas de âmbito nacional e regional.