Documentos textuais: reúne ofícios, telegramas, programas e projetos de pesquisa, fichas de dados epidemiológicos e de levantamento parasitológico e helmintológico, relatórios de atividades, inquéritos sorológicos, artigos científicos, boletins informativos e recortes de jornais, entre outros documentos, referentes às atividades de ampliação do conhecimento no campo de endemias rurais, de aperfeiçoamento de seus métodos profiláticos, além das atividades destinadas a combatê-las, que eram desenvolvidas pelas circunscrições nos estados e municípios. Inclui também organogramas, boletins semanais, portarias, declarações, ofícios-circulares, planos de trabalho, termos de acordos e convênios, entre outros documentos, referentes às atividades de administração interna do INERu, bem como aquelas resultantes de suas relações com outras instâncias político-administrativas em sua condição de órgão do DNERu do Ministério da Saúde.
Documentos iconográficos: reúne fotografias das sedes dos centros de pesquisa construídos para atender ao desenvolvimento de programas, projetos e planos de pesquisas locais, como também das localidades que serviram como estudo de campo para pesquisas, seja pela coleta de animais, seja pelo alto grau de infecção entre seus habitantes, de pessoal treinado para atuar em tais pesquisas,
de laboratórios, postos médicos e também de construções de cunho profilático. Grande parte das fotografias apresenta-se colada a páginas de relatórios, alguns destes relativos às atividades geradas com base em convênios estabelecidos entre o INERu e instituições como a Organização Pan-Americana da Saúde, a Fundação Rockefeller, a Superintendência de Desenvolvimento do Nordeste, a United States Assistance for International Development e o Instituto Pasteur. É importante ressaltar que essas fotografias não abrangem todo o período de atuação do instituto, pois apresentam sua produção localizada entre 1951 e a década de 1970. Observa-se, também, que a maior parte das fotografias foi produzida enquanto o INERu esteve sob a direção de José Rodrigues da Silva.