A seção é constituída por documentos referentes ao Congresso Interno, Núcleo Central de Decisões e Conselhos Técnico-Científico, Administrativo e Deliberativo da instituição, bem como processos eleitorais para o cargo de presidente da Fiocruz.

Os documentos encontram-se organizados em séries e subséries que refletem as funções e atividades desempenhadas pelo Departamento de Imunologia. A partir do estudo da estrutura, da correspondência e da análise dos documentos, foram estabelecidas as seguintes séries: Administração Geral; Ensino; Eventos; Produção Científica; e Correspondência.

Reúne correspondência incluindo principalmente ofícios, cartas, telegramas, memorandos e cartas-circulares; documentação jurídica, englobando cópias, minutas de projetos de leis e decretos, atos e portarias; programas; projetos; relatórios; pareceres; convênios; contratos; atas; demonstrativos contábeis e financeiros, entre outros documentos produzidos ou recebidos pela Presidência da Fiocruz e pelos seus órgãos de assessoramento imediato.
Referem-se sobretudo às atividades de planejamento e gestão superior da instituição. Destacam-se aquelas relativas às ações consideradas prioritárias e de caráter estratégico no que diz respeito à estruturação organizacional da instituição, às suas instalações físicas e seu aparelhamento operacional, à programação e ao desenvolvimento de suas atividades finalísticas, ao atendimento de necessidades de recursos humanos. No que concerne ao planejamento e à execução das atividades finalísticas destacam-se os documentos de caráter programático, tais como planos, programas e projetos, além de relatórios que assinalam, em termos gerais, os resultados obtidos. Entre aqueles estão incluídos os que registram as relações de cooperação interinstitucional mantidas pela instituição, assim como a sua inserção em políticas de âmbito nacional e regional.

Reúne cartas, telegramas, cartões-postais e fotografias produzidas e acumuladas pela direção do Departamento de Helmintologia.
Merece destaque o intercâmbio científico mantido por J. F. Teixeira de Freitas com pesquisadores brasileiros e estrangeiros.

Reúne correspondência, projetos de pesquisa, periódicos, separatas, patentes, fotografias, material de eventos acadêmico-científicos, textos e relatórios produzidos e acumulados pela direção do Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular.
Merecem destaque os programas e projetos desenvolvidos pelo Departamento através do intercâmbio e de convênios firmados com instituições de pesquisa brasileiras e estrangeiras, tais como o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, a Organização Mundial de Saúde e a Universidade da Califórnia, para a aplicação das potencialidades oferecidas pela engenharia genética ao estudo das doenças endêmicas brasileiras. Entre os projetos pode-se citar: Engenharia Genética e Tripanosomatídeos; criação do Instituto de Engenharia Genética (Gene-Manguinhos); Determinação de Seqüência de Bases de Fragmentos de Ácido Desoxirribonucléico Purificados por Clonagem Molecular e Tripanosomatídeos de Interesse Médico - Caracterização Taxionômica e Filogenética por análise ao nível do genótipo.
Incluem-se , também, documentos referentes ao desenvolvimento de pesquisas, correspondência entre pesquisadores e instituições, fontes de referência, versões preliminares e finais de trabalhos, artigos e relatórios, que foram reunidos em pastas individuais ao longo das atividades técnico-científicas de seus profissionais, e mantidas em sua integridade no processo de ordenação do fundo.
Encontram-se, ainda, documentos pertinentes à administração geral do DBBM, que de forma abrangente contemplam a aquisição e o controle de materiais e equipamentos de laboratório, os demonstrativos de dotação e execução orçamentária, assentamentos individuais, além de alguns aspectos relacionados à organização e ao funcionamento da Fiocruz.

A seção é constituída de correspondência, legislação orgânica, normas, regulamentos e relatórios referentes à instituição, constituição organização e funcionamento do SESP e da FSESP; acordos entre os governos do Brasil e dos Estados Unidos para programas de cooperação de saúde e saneamento; documentos sobre aquisição de material e equipamento para o Programa da Amazônia, Migração, Rio Doce e Minas Gerais; trabalhos relativos a reuniões, encontros e seminários com participação da FSESP; publicações de circulação interna; periódicos. Inclui ainda registros sobre diversos eventos tais com inauguração de obras, participação em eventos técnicos e/ ou científico e comemoração de aniversários do SESP/FSESP.

Reúne documentos diversos relativos à organização e ao funcionamento da Ensp, tanto no que diz respeito a aspectos técnico-acadêmicos quanto à administração geral.
No primeiro caso, destacam-se os materiais referentes à formulação, ao desenvolvimento e à avaliação de convênios, programas e projetos voltados às áreas de ensino, pesquisa e prestação de serviços em saúde pública, em muitos casos resultantes da cooperação com instituições brasileiras, estrangeiras e com organismos internacionais. Estes materiais contemplam , também, a realização de eventos acadêmicos-científicos ou de discussão de políticas públicas, incluindo a sua programação, os trabalhos apresentados e seus documentos finais. Dentre os registros que permitem um detalhamento das atividades finalísticas desenvolvidas, destacam-se textos, apostilas e outros materiais utilizados para fins didáticos ou como suporte à pesquisa, trabalhos, artigos e relatórios setoriais, assim como a correspondência emitida e recebida pela diretoria da unidade e pelos seus departamentos . Merecem destaque, ainda, os documentos que possibilitam a observação dos aspectos mais gerais do planejamento, da organização e do funcionamento da Fiocruz e da sua inserção em políticas públicas de âmbito nacional.
Quanto à documentação compreendida entre 1940 e 1954, esta refere-se à organização a ao funcionamento da Diretoria Nacional de Saúde.
A área de administração geral da unidade é contemplada, de forma abrangente, por documentos referentes a assuntos de pessoal, à aquisição e ao controle de materiais e equipamentos e, em menor escala, ao planejamento contábil da unidade.

A seção é constituída de documentos produzidos pelos diversos setores, seções, diretorias, divisões e programas da FSESP tratando de assuntos referentes ás atividades finalísticas do órgão tais como ações de saúde e saneamento; formação e capacitação de profissionais de saúde; educação sanitária; assistência hospitalar em geral; enfermagem; pesquisas biomédicas; controle e combate de doenças; engenharia sanitária; implantação de unidades sanitárias, hospitais, centros de saúde, laboratórios; construção e reformas de sistemas públicos de abastecimento de água e de esgotos sanitários; administração de autarquias municipais de água e esgotos; melhorias de habitações; higiene do trabalho; construção de residências; reparos e conservação de imóveis.

Reúne correspondência, textos, programas, projetos, documentos de trabalho decorrentes das atividades desenvolvidas pelo Daps nas áreas biomédica e da Saúde Pública, e documentos relativos aos cursos de Pós-Graduação Lato Sensu e Strictu Sensu, Aperfeiçoamento e Básicos Regionalizados de Saúde Pública ministrados na própria Ensp ou em outras cidades que tenham mantido convênio com a instituição.
Inclui também documentos de caráter técnico-administrativo, como circulares, memorandos, ofícios, regulamentos e normas para funcionamento dos cursos, regimentos referentes a normas de funcionamento do Departamento de Administração e Planejamento em Saúde, relatórios das atividades desenvolvidas na Ensp e na FIOCRUZ.

Reúne prontuários médicos com informações referenciais dos pacientes internados no Hospital Evandro Chagas. Constam dos prontuários os antecedentes familiares e pessoais do doente, histórico da moléstia, observações clínicas e diagnóstico. Acompanham os documentos formulário com anotações sobre o cotidiano do paciente internado, resultados de exames e fotografias. Cabe assinalar que o preenchimento dos campos nem sempre foi feito com regularidade.

A documentação reflete aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos do IOC. Contempla fichas de alunos com informações pessoais e sobre a sua formação, ocupação e desempenho no curso, dossiês de alunos contendo declarações; atestados e provas; atas e livros de atas que arrolam informações sobre a frequência e o desempenho dos alunos, assim como a realização de concursos de seleção. Contém, também, livros de assentamento de alunos e de registro de diplomas, certificados e aulas ministradas. Os documentos diversos incluem relatórios anuais, regimentos internos e correspondência do diretor do IOC e da coordenação referentes a aspectos vários da administração dos cursos. A documentação relativa ao Curso de Higiene e Saúde Pública inclui atas de exames, ofícios, relatórios, folhetos informativos, relação de alunos e programas de cursos.

A documentação reúne atos oficiais e outros documentos formais expedidos pela direção do IOC, desde as suas origens até a sua incorporação à Fiocruz, normatizando procedimentos e informando sobre a vida funcional dos servidores. Inclui ainda a correspondência expedida pela direção, pelo Serviço de Administração e outros órgãos do Instituto, refletindo as várias atividades desenvolvidas ao longo do período, tais como: remessas de vacinas, laudos de análises de preparados, visitas de pesquisadores estrangeiros ao IOC, realização de cursos. A documentação inclui também a carta-testamento de Oswaldo Cruz.