Os documentos receberam tratamento individual. São representativos de toda obra científica do titular, bem como trabalhos enviados a ele por outros cientistas. Dividi-se em duas subséries. A Subsérie Trabalhos Próprios, com datas limite que vão de 1890 a 1917 e cobre o período em que o titular ainda era estudante da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, até o fim de sua vida. Cadernos de anotações de aula, bem como manuscritos referentes aos estudos realizados na França, que não foram publicados. A Subsérie Trabalhos de Terceiros com datas limite entre os anos de 1886 e 1963. O documentos mais antigo deste conjunto, de autoria de Bento Gonçalves Cruz, pai do titular, versa sobre o saneamento da Lagoa Rodrigo de Freitas, e o Relatório Semestral do Instituto Bacteriológico de São Paulo, datado de 1894 e enviado por Adolpho Lutz ao titular, informando sobre os casos de febre amarela e de outras febres não identificadas em São Paulo, no momento que uma das maiores epidemias de febre amarela explodia também no Rio de Janeiro. Este é, provavelmente, o primeiro registro que se tem do intercâmbio de informações entre o titular e o grupo de bacteriologistas de São Paulo, chefiado por Emílio Ribas e do qual também vazia parte Vital Brazil. O intercâmbio intensificar-se-ia no segundo semestre deste mesmo ano quando, juntos, trabalharam no combate à epidemia de cólera do Vale do Paraíba.

Originais manuscritos do estudo crítico considerando a Tese de Doutoramento apresentada por José Gonçalves Roxo à Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro. O texto analisa cada capítulo da tese em particular e conclui que o autor obteve êxito em seu empreendimento. Publicado no Annuario Medico Brazileiro, v.7, n.32/38.

Anotações a respeito de experiências com cobaias, utilizando rícino, durante o período que Oswaldo Cruz frequentou o Instituto Pasteur de Paris e o Laboratório de Toxicologia.

Anotações de conferências sobre medicina legal realizadas durante o período em que Oswaldo Cruz frequentou o Instituto Pasteur de Paris. Contem listagem dos trabalhos publicados pelo mesmo durante a realização destes estudos.

Protocolo de experiências. Em anexo, uma folha avulsa contendo cálculos.

Originais manuscritos do artigo apresentando as principais formas de contaminação dos meios de cultura por mucoríneas - que os torna inutilizáveis - e os procedimentos adequados para evitar tal contaminação, proporcionando assim um melhor aproveitamento de tais meios de cultura.

Caderno de anotações pertencente a Oswaldo Cruz contendo fichamentos de diversos artigos referentes à higiene, peste, cólera, béri-béri e malária.

Caderno onde Oswaldo Cruz discorre sobre higiene considerando diversos aspectos a ela ligados, tais como caracteres e fins de higiene, o solo, a água, a atmosfera, o clima, alimentação e bebidas e as vestimentas. Em anexo, dois rascunhos do titular, sendo um sobre esgotos e outro sobre os procedimentos para a realização de autópsias.

Desenhos comentados acerca da estrutura de diversos órgãos do corpo humano.

Caderno de aula da terceira série do curso de medicina, realizado por Oswaldo Cruz na Faculdade de Medicina.

Caderno de aula do curso de medicina, realizado por Oswaldo Cruz na Faculdade de Medicina.

Protocolos de pesquisas a respeito de experiências utilizando rícino.

Texto do titular descrevendo a importância do exame microscópio bacteriológico e as manifestações clínicas da peste bubônica.

Texto da descrição minuciosa do referido exame feito por incumbência de Tavares Bastos, juiz da câmara civil do Tribunal Civil e Criminal do Distrito Federal. Em anexo relatório sobre um exame microscópico de urina datado de 22 de fevereiro de 1894, que consiste em uma ficha preenchida por Oswaldo Cruz contendo laudo deste exame.

Conferência realizada no Centro Acadêmico Oswaldo Cruz, de São Paulo, em 20 de setembro de 1940.

Programa do curso de leprologia ministrado na Faculdade de Ciências Médicas da Universidade do Distrito Federal.

Resumo de artigo sobre a etiologia da varíola publicado no 'Journal of Medicine Research', de 20 de junho de 1903.

Resumo de artigo publicado no 'British Medical Journal', de 18 de julho de 1903.

Texto manuscrito incompleto em alemão sobre o controle da malária.

Texto de trabalho do Instituto Oswaldo Cruz, dividido nos itens: o mosquito; hematozoário e doente impaludado.

Caderno contendo informações sobre a bibliografia consultada para a identificação das espécies. Instituto Oswaldo Cruz.

Resumo do trabalho de Harriot, "Sobre a lipase do sangue", publicado no 'Comptes rendus-Sociedade de Biologia', t. LV, 1903.

Documento manuscrito de uma conferência sobre a epidemiologia das moléstias transmissíveis. O texto destaca a história da febre amarela no Rio de Janeiro e sua etiologia.

Trabalho produzido no Instituto Oswaldo Cruz a propósito da comunicação de Horothorn sobre os bacilos de Koch em emulsão de glicerina e os efeitos destas emulsões sobre as cobaias. Este texto foi remetido com carta a 11 de abril de 1909 ao médico Émile Marchoux.

Artigo contendo críticas ao texto "Enfermedad de Chagas (El signo de Ronamã)". Segundo o autor é desnecessário um subtítulo para a doença de Chagas. No documento há uma dedicatória ao presidente do Brasil, Getúlio Vargas.

Resumos manuscritos de artigos publicados em periódicos de medicina, elaborados por Rocha Lima, Carlos Chagas, Ezequiel Dias e Cardoso Fontes.

Livro contendo uma defesa da vacinação para erradicar o problema da doença. O documento traz uma dedicatória do autor a Oswaldo Cruz.