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A Imperial Estação Agronômica de Campinas foi criada por decreto-lei de 27 de junho de 1887. A sede da instituição começou a ser construída, ainda em 1887, no bairro do Guanabara, em Campinas. A instituição orientava-se fundamentalmente para a pesquisa, seguindo o modelo alemão, segundo o qual os institutos agronômicos não deveriam ser direcionados para o ensino. A instituição dedicava-se ao conhecimento das características físico-químicas dos principais elementos da produção, ou seja, dos nutrientes do solo e das demandas dos vegetais, pois tais conhecimentos possibilitariam a manutenção e fertilização constante das terras. Em 1897 passou a denominar-se Instituto Agronômico do Estado de São Paulo, e posteriormente adotou a denominação atual.

Foi fundado em 1927 a partir do trabalho da Comissão para o Estudo e Debelação da Praga Cafeeira, criada em 1924 para o combate à praga da broca. Até 1937 era denominado Instituto Biológico de Defesa Agrícola , passando a adotar o nome atual. Desde a origem dedicou-se à pesquisa científica, incluindo a identificação entomológica do agente causador da praga, bem como à definição e divulgação de medidas de combate ao agente e fiscalização e vigilância. Instituição pública de pesquisa de sanidade vegetal e animal e suas relações com o meio ambiente que integra um conjunto de instituições de pesquisa criadas a partir das necessidades da economia do estado de São Paulo.

Em 1899, um surto de peste bubônica que se propagava a partir do porto de Santos levou a administração pública estadual a criar um laboratório de produção de soro antipestoso, vinculado ao Instituto Bacteriológico (atual Adolpho Lutz). Esse laboratório, instalado na Fazenda Butantan, foi reconhecido como instituição autônoma em fevereiro de 1901, sob a denominação de Instituto Serumtherápico, sendo designado como seu primeiro diretor o médico Vital Brazil Mineiro da Campanha, estudioso dos problemas de saúde pública.
Foi oficialmente criado, em 23 de fevereiro de 1901, destinado a fabricar soros e vacinas. Em 1918, com a reforma empreendida por Arthur Neiva, a entidade passou a denominar-se Instituto Soroterápico de Butantan. Em 1925 foram unidos os Institutos Bacteriológico, Soroterápico e Vacinogênico, e passaram a ser designados pela denominação atual, funcionando no mesmo local. Com a criação da Universidade de São Paulo, em 1934, passou a fazer parte daquela instituição como orgão complementar

Adotou a denominação em 1985.

A denominação atual foi adotada em 1943.