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As origens do Instituto Fernandes Figueira remontam à década de 1920, quando o pediatra Antonio Fernandes Figueira assumiu a Inspetoria de Higiene Infantil. Em 7 de setembro de 1924, com a lei n. 4.793, a Prefeitura do Distrito Federal cedeu à Inspetoria de Higiene Infantil (IHI) o Hotel Sete de Setembro, situado no bairro carioca do Flamengo, para a instalação de um hospital para crianças. Esse hotel, que mais tarde seria transformado na Casa do Estudante, havia sido construído para recepcionar os visitantes da Exposição do Centenário da Independência, em 1922. A construção destinada à moradia dos funcionários do antigo hotel foi reformada, e ali foi instalado o Hospital Arthur Bernardes. O decreto n. 5.150, de 10 de janeiro de 1927, alterou sua denominação para Abrigo Hospital Arthur Bernardes. Na década de 1930 o hospital enfrentou várias crises e chegou a ser desativado, ficando restrito a um pequeno ambulatório de pediatria. Em 1939 ele foi reaberto como Instituto de Higiene e Medicina da Criança, abrigando o Serviço de Puericultura do Distrito Federal. Em 1940 foi criado o Departamento Nacional da Criança (DNCr), que substituiu a IHI. No mesmo ano, o Instituto de Higiene e Medicina da Criança foi reformulado e passou a se chamar Instituto Nacional de Puericultura (INP), tendo como missão realizar estudos, inquéritos e pesquisas sobre problemas relativos à maternidade e à saúde da criança. Ao DNCr cabia o desenvolvimento de atividades de formação de recursos humanos para a atenção materno-infantil, através de cursos com intensa participação de técnicos do INP, conforme o decreto-lei n. 5.912, de 25 de outubro de 1943. Pelo decreto n. 9.089, de 26 de março de 1946, o INP passou a ser denominado Instituto Fernandes Figueira (IFF), cuja estrutura foi formalizada pelo decreto n. 26.690, de maio de 1949. Em 1970 foi criada a Fundação Instituto Oswaldo Cruz, que incorporou vários institutos, entre eles o IFF. Atualmente a instituição realiza atividades de pesquisa, ensino, assistência, desenvolvimento tecnológico e extensão no âmbito da saúde da mulher, da criança e do adolescente. Sua estrutura organizacional é esta: quatro vice-diretorias integrantes da direção – Assistência, Ensino, Pesquisa e Desenvolvimento Institucional –, três departamentos – Ginecologia, Patologia Clínica e Ensino –, coordenações de Bolsas e Gerência de Projetos de Pesquisa em Saúde e Núcleo de Inovação Tecnológica.

A Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), no decorrer de 1976, vivenciou as primeiras modificações significativas em sua configuração original. Um novo estatuto aprovado em abril daquele ano incluiu entre suas finalidades a participação na formulação, coordenação e execução do Plano Básico de Pesquisa para a Saúde, a ser elaborado pelo Ministério da Saúde em consonância com a Política Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Além disso, suas ações básicas foram reorientadas no sentido de conferir prioridade às atividades de pesquisa, ensino e produção voltadas para os problemas de saúde pública, de acordo com as diretrizes gerais formuladas pelo ministério. Ao mesmo tempo, buscava-se articular as metas e os objetivos no interior de programas e projetos integrados. Nesse movimento, extinguiu-se o Instituto de Produção de Medicamentos (Ipromed) e foram criados o Laboratório de Tecnologia em Produtos Biológicos de Manguinhos (Bio-Manguinhos) e o Laboratório de Tecnologia em Quimioterápicos de Manguinhos (Farmanguinhos), que passaram a assumir suas principais atribuições. Em agosto de 1978, o Laboratório Central de Controle de Drogas, Medicamentos e Alimentos foi transferido da estrutura da administração direta do Ministério da Saúde para a Fiocruz. Mais tarde, em 1981, sua denominação seria alterada para Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS). Na década de 1930 havia sido instalada a primeira unidade de produção de vacinas no Instituto Oswaldo Cruz, por meio de cooperação firmada com a Fundação Rockefeller e o Serviço de Febre Amarela. Bio-Manguinhos foi criado oficialmente em 4 de maio de 1976, pela norma regulamentar n. 2, visando conferir autonomia gerencial à produção de imunobiológicos, que até então era realizada de forma dispersa na instituição, por vários laboratórios. Partindo de um conjunto de pequenos laboratórios, em sua maioria projetados originalmente para a pesquisa, Bio-Manguinhos evoluiu para um complexo industrial e tecnológico dos mais importantes da América Latina. Em 23 de maio de 1983, através do ato da Presidência n. 13, a instituição passou a denominar-se Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Deve-se enfatizar, contudo, que ela não possui personalidade jurídica própria e está vinculada diretamente ao Ministério da Saúde. A produção de Bio-Manguinhos está concentrada em três vacinas, das quais é o único produtor nacional (febre amarela, sarampo e poliomielite), e em reativos para diagnósticos. Atualmente, é composto por estes órgãos: Centro de Antígenos Bacterianos, Centro de Processamento Final de Imunobiológicos (um dos mais modernos do mundo, com capacidade de processamento de duzentos milhões de doses por ano) e outros, que ainda entrarão em fase de construção e abrigarão a unidade de Produção de Vacinas Virais, o Controle de Qualidade e o Centro de Produção de Biofármacos e Reativos para Diagnóstico.

O Laboratório de Tecnologia em Quimioterápicos de Manguinhos foi criado em 1976, através do estatuto da Fiocruz (Norma Regulamentar nº 2.176), cuja aprovação se deu pelo Decreto Presidencial 77.481, de 23 de abril do mesmo ano. Em 1979 iniciou-se a produção do primeiro medicamento, o sulfato ferroso. O Ato da Presidência nº 013/83 de 23/05/1983 modificou o nome para Instituto de Tecnologia em Fármacos. Posteriormente, Farmanguinhos foi qualificada como Unidade Técnico–Científica "cujas atividades estão relacionadas diretamente às áreas finalísticas da Fiocruz, ou seja, pesquisa, ensino, produção de bens e serviços e desenvolvimento tecnológico" (Ato da Presidência 152/88, de 30 de setembro de 1988. Em 1990 o portfólio do instituto compreendia cinco produtos: sulfato ferroso, dapsona, dietilcarbamazina, dexametasona e tetraciclina. Nesse período, a área de produção se dividia em uma linha de pomadas e cremes e duas de comprimidos. A produção foi ampliada em 1992, sendo dividida por classe de doenças, como anemia, hanseníase, câncer, doenças mentais, filariose, cólera, dermatites infecciosas, tracoma, glaucoma e dermatites ceborréicas. Entre os anos de 1993 e 1995 o portfólio de produtos compreendia 127 medicamentos. O primeiro antirretroviral Zidovudina (AZT) passou a ser produzido em 1999. Nos anos 2000 consolidou-se como parceiro estratégico do Ministério da Saúde, com produção ultrapassando a marca de meio bilhão de unidades, e com a participação em programas de assistência farmacêutica, como o Saúde da Família e o Hiperdia, que tem como objetivo a prevenção e o tratamento da hipertensão arterial e diabetes mellitus.