A Seção de Zoologia Médica foi criada e formalizada no regulamento do Instituto Oswaldo Cruz de 1926, compondo-se das subseções de Protozoologia, Entomologia e Helmintologia. Entretanto, o IOC, desde a sua criação, atribuiu importância fundamental às áreas de estudos e pesquisas que compunham a zoologia médica, a qual permaneceu prestigiada até a atualidade. Esta importância ficou evidente quando o Instituto, ao delimitar suas áreas de atuação, estruturou-se formalmente em seções cujas denominações refletiam suas atribuições finalísticas. Sendo assim, em 1919 foram definidos como seus objetivos principais, os estudos de patologia experimental, de higiene, de zoologia, de veterinária e fitopatologia. Em 1921, foi criada a Seção de Protozoologia, área de excelência do Instituto para o que contribuiu de forma decisiva a descoberta das doença de Chagas. Em 1922 foi criada a Seção de Entomologia e, finalmente, como já mencionado anteriormente, em 1926, a Seção de Zoologia Médica. Esta estrutura manteve-se até 1982 com algumas alterações. Em 1942, a Seção de Zoologia Médica passou a chamar-se Divisão de Zoologia Médica: em 1962, nova denominação foi atribuída ao órgão, Divisão de Zoologia, acrescendo-se ao mesmo as seções de Malacologia e Hidrobiologia e, em 1970, substituiu se o termo divisão por departamento, passando a denominar-se Departamento de Zoologia. Nesta ocasião foi também suprimida a Seção de Malacologia. Ao iniciar-se a década de 80, as seções se departamentalizaram e a Zoologia Médica não mais foi mencionada na estrutura organizacional da instituição, sendo porém representada pelas disciplinas que a compõe. Hoje, fazem parte do IOC, entre outros, o Departamento de Protozoologia, formado pelos Laboratórios de Biologia, de Tripanossoma, de Imunidade Celular e Humoral e de Imuno-Modulação; o Departamento de malacologia, que tem sob sua orientação o laboratório de mesmo nome, e o Departamento de Helmintologia, composto pelos laboratórios de Esquistossomose Experimental, de Helmintos Parasitas de Vertebrados e de Helmintos Parasitas de Peixes. Por sua vez, a entomologia enquanto disciplina permanece atualmente vinculada ao Departamento de Biologia.

O Departamento de Vacinas Virais é subordinado à Vice-diretoria de Produção criada em 2002. O Departamento é composto pelo Laboratório de Febre Amarela (LAFAM), Laboratório de Pólio (LAPOL), Laboratório de Antígenos Virais (LAANV), Laboratório de Produção de Células (LAPRC) e pela Divisão de Apoio de Virais (DIAPV).

Criado em outubro de 1980, o Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular (DBBM) estruturou-se em laboratórios compostos por equipes responsáveis pelo desenvolvimento de linhas de pesquisa específicas e com financiamento próprio. O primeiro a ser criado, em 1980 - o Laboratório de Biologia Molecular e Doenças Endêmicas - originou-se a partir dos mesmos pressupostos e objetivos que justificam a criação do DBBM: a concepção, o desenvolvimento e aperfeiçoamento da tecnologia de caracterização genotípica de tripanossoamatídeos que utiliza a separação eletroforética dos fragmentos do DNA do cinetoplasto, gerados por digestão em enzimas de restrição-análise de esquizodemas - técnica recomendada pela Organização Mundial de Saúde (OMS) para T. cruzi e leishmania. Em 1980 também foram criados os Laboratórios de Pesquisa, Desenvolvimento e Produção de Insumos para a Biotecnologia e Laboratório de Eletroforese de Isoenzimas, que em 1989 passou a ser Laboratório de Sistemática Bioquímica. As principais linhas de trabalho deste último são a caracterização fenotípica e genotípica de leishmania: a zimotaxonomia do gênero víbrio; a caracterização bioquímica dos vetores das doenças parasitárias e a caracterização por enzimas de bacilos de importância para a saúde pública. Em 1984, o mesmo laboratório recebeu credenciamento do UNDP/World Bank/WHO Special Progamme for Research and Training Tropical Diseases (IRD) para a caracterização de Leishmania. Em 1981, foi criado o Laboratório de Caracterização Genotípica, Filogenia e Epidemiologia Molecular de Tripanossomatídeos, os laboratórios de Expressão Genética e de Bioquímica de Insetos. Em 1986, constituiu-se Laboratório de Biologia Molecular de Flavivírus, ano em que também foi criado, como laboratório autônomo, o Centro de Referência da OMS para tipagem de Tripanossoma cruzi. Pôr último, foi inaugurado, em 1987, o Laboratório de Biologia Molecular e Diagnóstico de Doenças Infecciosas. Em 1992, uma reformulação estrutural na instituição conferiu ao DBBM os laboratórios de Imunopatogia e de microsequenciamento e extinguiu o Laboratório de Pesquisa, Desenvolvimento e Produção de Insumos para a Biotecnologia e o Laboratório de Caracterização Molecular de Tripanossomatídeos.

Em 1966, a Escola Nacional de Saúde Pública passou a integrar a Fundação Ensino Especializado em Saúde Pública criada pela Lei nº 5.019 de junho de 1966. No que se refere ao ensino, a Fundação Ensino Especializado em Saúde Pública se departamentaliza, constituindo o Conselho Departamental - integrado pelos chefes de departamento -, o orgão consultivo para a fixação da política educacional e da pesquisa. No estatuto da Fensp – Decreto nº 59.050 de 11 de agosto de 1966 – foram criados os departamentos de ensino ao qual a ENSP ficou subordinada: Ciências Biológicas, Epidemiologia, Metodologia e Planejamento, Saneamento, Administração de Saúde e Estatística. A Fensp em 1969 passou a denominar-se Fundação Recursos Humanos para a Saúde. Em 22 de maio de 1970 passou a denominar-se Instituto Presidente Castello Branco e a incorporar a Fundação Instituto Oswaldo Cruz, hoje Fundação Oswaldo Cruz. A Resolução nº 6 de 13 de abril de 1970 extinguiu o Departamento de Metodologia e Planejamento cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Administração em Saúde que passou a denominar-se Departamento de Administração e Planejamento de Saúde. Extinguiu-se também o Departamento de Estatística cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Epidemiologia que passou a denominar-se Departamento de Epidemiologia, depois Departamento de Epidemiologia e Estatística. A Resolução 20 de 12 de junho do mesmo ano, por sua vez, extinguiu o Departamento de Ciências Sociais, cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Administração de Planejamento de Saúde. Enfim, apesar do Regimento do Instituto Castello Branco ser posterior as duas Resoluções, na prática entre 1970 e 1976, as funções exercidas pelos departamentos continuaram sendo desempenhadas. No Regimento do Instituto Castello Branco de 8 de setembro de 1970 constam dois departamentos: o de Recursos Humanos para a Saúde e o de Preparação de Pessoal. Este último através da Coordenação de Áreas de Docência incorporou as atividades desenvolvidas pelos departamentos. As áreas de docência são as seguintes: Ciências Biológicas, Epidemiologia, Saneamento, e Administração. Em 1976 o Instituto Presidente Castello Branco recuperaria sua denominação original: Escola Nacional de Saúde Pública.

Nasceu em Cachoeiro de Itapemirim (ES), em 18 de outubro de 1925. Batistinha, como era mais conhecido, era filho de um ferroviário da Estrada de Ferro Leopoldina e teve 11 irmãos, dos quais sete morreram de tuberculose na infância. Aos 16 anos, ingressou na Estrada de Ferro Leopoldina, onde trabalhou até ser demitido por motivos políticos, em 1964. Foi eleito presidente do Sindicato dos Ferroviários da Leopoldina, em 1954, quando então comandou uma greve que resultou na intervenção do sindicato pelo Ministério do Trabalho. Participou também da articulação do Pacto da Unidade e Ação (PUA), movimento que congregou portuários, ferroviários e marítimos, e posteriormente o Comando Geral dos Trabalhadores (CGT). Com a promulgação da Lei Orgânica da Previdência Social (LOPS), em 1960, e a instituição da direção colegiada nos Institutos de Aposentadoria e Pensões (IAPs), atuou como representante dos trabalhadores na Junta de Julgamento e Revisão (JJR) do Instituto de Aposentadoria e Pensões dos Ferroviários e Empregados do Serviço Público (IAPFESP). Em Cachoeiro do Itapemirim, além de atuar no movimento sindical, foi também professor secundário, diretor da Casa do Estudante e jornalista do Correio do Sul, o Arauto e Sete Dias. Eleito deputado federal com 38 mil votos, por uma coligação integrada pelo Movimento Trabalhista Renovador (MTR), Partido Socialista Brasileiro (PSB) e pelo Partido Social Trabalhista (PST), cumpriu apenas 14 meses de mandato. Cassado em abril de 1964, foi incluído no Inquérito Policial Militar (IPM) da Leopoldina, entre outros processos. Formado em direito pela Universidade Federal de Vitória, em 1958, passou a exercer advocacia no Rio de Janeiro, durante o regime militar. Atuou ainda na reorganização do movimento sindical dos ferroviários e, nas eleições de 1986, foi candidato ao Senado Federal pelo Partido dos Trabalhadores (PT). Foi assassinado no Rio de Janeiro no dia 05 de julho de 1993, em sua casa, em circunstâncias não esclarecidas.