Criada a partir de decisão da Congregação da Escola de Farmácia de Pernambuco no ano de 1914, entrando em funcionamento somente em julho de 1920. Inicialmente, ficou instalada na Escola Manuel Borba, sendo transferida em 1927 para sede própria. A partir da reforma de ensino Rocha Vaz, em 1925, foi oficializada a junção das escolas de farmácia e odontologia, que tornaram-se faculdades anexas à Faculdade de Medicina. Em 1958, tornou-se uma das unidades da Universidade do Recife, depois Universidade Federal de Pernambuco.

O marco da criação da Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica do Rio de Janeiro é a nomeação do cirurgião Joaquim da Rocha Mazarém para a cadeira de anatomia, em 2 de abril de 1808. Funcionou inicialmente nas dependências do Hospital Real Militar, antigo Colégio dos Jesuítas, no morro do Castelo, transferindo-se depois para dependências da Santa Casa da Misericórdia do Rio de Janeiro, na praia de Santa Luzia. Considerada a segunda escola de ensino médico no país, somente em 1918, ganhou sede própria construída na Praia Vermelha, onde permaneceu até o ano de 1973, quando foi transferida para o campus universitário na Ilha do Fundão. Em 1920 passou a integrar a Universidade do Rio de Janeiro, transformada em Universidade do Brasil em 1937. A partir de 1965, tornou-se uma unidade da Universidade Federal do Rio de Janeiro.