Nasceu em 1º de novembro de 1917, em Pelotas (RS). Formou-se em medicina pela Universidade do Brasil, atual UFRJ, em 1942, obtendo doutorado em bioquímica na UFRRJ. Nesse mesmo ano, ingressou no IOC como químico-analista, sendo também designado para professor dos cursos do Instituto e chefe da seção de endocrinologia, cargo que ocupou até 1964. Lecionou também na Faculdade de Ciências Médicas da atual UERJ, na UFRJ, na UFF e em instituições particulares. Em 1951, foi nomeado professor catedrático da Escola Nacional de Veterinária, hoje UFRRJ, onde criou um núcleo de pesquisas em ciências fisiológicas. Especialista em hormônios, Fernando Ubatuba esteve na Suíça e Inglaterra, a fim de aprimorar seus conhecimentos nesse campo. De volta ao Brasil, montou um laboratório de padronização de hormônios no IOC e na Santa Casa da Misericórdia do Rio de Janeiro. Além disso, foi assessor no planejamento do laboratório central de controle de produtos veterinários da Secretaria de Defesa Sanitária da Agricultura. Membro da Academia Brasileira de Ciências, desenvolveu trabalhos pioneiros em bioquímica e fisiologia de insetos e em deficiências minerais em gado bovino, criando núcleos de pesquisadores nessas áreas. Em 1968, foi preso na UFRRJ, ficando 14 dias incomunicável no paiol de pólvora do Exército, em Paracambi. Depois foi liberado apenas para dar aulas, sendo levado sob escolta até a universidade. Em 1970, Fernando Ubatuba teve seus direitos políticos suspensos e foi aposentado pelo Ato Institucional nº 5 (AI-5) e 10 (AI-10). Sua cassação desestruturou a divisão de Fisiologia e Farmacodinâmica de Manguinhos e levou sua mulher, Arlette Ubatuba, responsável pela produção de vacinas antibacterianas, a aposentar-se. Em 1971, foi para a Universidade Centro-Ocidental Lisandro Alvarado, de Barquisimeto, na Venezuela, onde instalou um centro de pesquisas em ciências fisiológicas. Em seguida, viajou para a Grã-Bretanha como pesquisador visitante do Instituto de Fisiologia Animal da Universidade de Cambridge. Trabalhou também como professor de farmacologia na Universidade de Edinburgh, na Escócia. Foi contratado, em 1974, como pesquisador sênior da Wellcome Research Laboratories, aposentando-se em 1980. Nessa instituição, teve participação ativa nos estudos que acabaram por conceder o prêmio Nobel de Medicina a John Vane, em 1982. Fernando Ubatuba retornou ao Brasil, em 1980, para colaborar na reformulação dos cursos e no desenvolvimento de pesquisas na Faculdade de Ciências da UnB, passando a coordenar o Departamento de Farmacologia e o Biotério Central. Em 1986, embora tenha sido reintegrado ao quadro de pesquisadores da Fiocruz, optou por permanecer na UnB. Retornou ao Rio de Janeiro em 1990, como pesquisador visitante do CNPq no Departamento de Bioquímica da UFRJ. Afastou-se deste cargo em 1995, devido a problemas de saúde. Faleceu em 9 de março de 2003.