Em 1938, o Serviço Sanitário de São Paulo passou a denominar-se Departamento de Saúde do Estado, o Instituto Bacteriológico subdividiu-se nas seções de Pesquisas, Hemoculturas e Identificação de Culturas. Por decreto de 1940, o Instituto Bacteriológico fundiu-se com o Laboratório de Análises Químicas e Bromatológicas, criado também em 1892, constituindo assim o Laboratório Central de Saúde Pública do Estado. Em homenagem ao cientista recém- falecido que havia se tornado referência para os estudos sobre microbiologia e protozoologia no Brasil, a instituição recebeu o nome de Instituto Adolfo Lutz. Passou então a acumular as seguintes funções: realização de exames de laboratório necessários à elucidação de diagnósticos das moléstias infecto-contagiosas, inclusive exames histopatológicos; os necessários à verificação de portadores de germes e estados de imunidade e os exigidos para outros fins sanitários; análises clínicas auxiliares de diagnósticos das moléstias infecto-contagiosas; o estudo da etiologia das epidemias, das endemias e das epizootias que se transmitiam ao homem; análises físicas, físico-químicas, químicas e exames microscópicos e bacteriológicos das substâncias alimentícias; realização de exames para o controle dos produtos biológicos, químicos, drogas, medicamentos e especialidades farmacêuticas. Os serviços do Instituto ficaram distribuídos em três subdivisões: técnico-administrativa, de microbiologia e diagnóstico, e de bromatologia e química. Nesta ocasião, a instituição ganhou uma nova sede com instalações ampliadas.