Instituto de Saúde do Distrito Federal (ISDF)
Instituto de Resseguros do Brasil (IRB)
Instituto de Química de Substâncias Naturais (França)
Instituto de Química Agrícola (IQA)
Criado em 1918 como Instituto de Química, adotou essa denominação em 1934.
Instituto de Psiquiatria (IPUB/UFRJ)
Instituto de Proteção e Assistência à Infância (IPAI)
Instituto de Previdência e Aposentadoria dos Servidores do Estado (IPASE)
Instituto de Preservação e Controle Ambiental (INAMB)
Instituto de Pré-História (IPH/USP)
Instituto de Pós-Graduação Médica Carlos Chagas (IPGMCC)
Instituto de Planejamento Municipal (Iplanrio)
Instituto de Planejamento de Lima (IPL)
Instituto de Pesquisas e Estudos da Realidade Brasileira (IPERB)
Instituto de Pesquisa sobre Doenças do Sangue (França)
Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada (IPEA)
Instituto de Pesquisa do Câncer (Reino Unido)
Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública (IPTSP)
Instituto de Nutrição Josué de Castro (INJC/UFRJ)
Instituto de Microbiologia Paulo de Góes (IMPG/UFRJ)
Instituto de Medicina Tropical (IMT/USP)
Instituto de Medicina Social (IMS/UERJ)
Instituto de Matemática Pura e Aplicada (IMPA)
Instituto de Lauro de Souza Lima
Inaugurado como Asilo-Colônia Aymores, em 1969 passa a se chamar Hospital Aimorés de Bauru, em 1974 Hospital Dr. Lauro de Souza Lima e 1989 Instituto de Dermatologia Lauro de Souza Lima.
Instituto de História Social Brasileira (IHSOB)
Instituto de História e Filosofia da Ciência e Tecnologia (França)
Instituto de Estudos de Combate às Doenças Tropicais
Instituto de Estudos Avançados da América Latina (França)