Nasceu em 6 de outubro de 1879, em Petrópolis (RJ), filho de Antonio Fontes e Maria Cardoso Fontes. Graduou-se pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em 1902. Dois anos antes, ainda como estudante, iniciou sua trajetória no Instituto Soroterápico Federal, denominado Instituto Oswaldo Cruz (IOC) em 1908, onde exerceu as funções de pesquisador, professor e diretor (1934-1942). Destacou-se pelos estudos sobre a tuberculose e a forma granular do Mycobacterium tuberculosis ou bacilo de Koch. Por designação de Oswaldo Cruz exerceu as funções de diretor do Laboratório Bacteriológico Federal, em 1903, e de inspetor do Serviço de Profilaxia da Febre Amarela, em 1904. A partir de 1936 foi professor e primeiro dirigente da Faculdade de Ciências Médicas do Rio de Janeiro. Integrou a Academia Nacional de Medicina, a Sociedade de Medicina e Cirurgia do Rio de Janeiro, a Sociedade Brasileira de Tuberculose e a Academia Pontifícia de Ciências do Vaticano, entre outras. Morreu em 27 de março de 1943, no Rio de Janeiro.