Nasceu na cidade de Taquara (RS) em 17 de julho de 1883, filho do zoólogo alemão Hermann Friedrich Albrecht von Ihering e de Anna Maria Clarz Belzer. Formou-se em 1901, em São Paulo como bacharel em ciências e letras, porém teve uma formação em zoologia com a convivência no laboratório de seu pai. No mesmo ano foi nomeado, por seu pai, então diretor do Museu Paulista, para a vice-diretoria de custos do museu. Em 1911, passou quase um ano trabalhando na Estação Biológica de Nápoles (Itália), depois na Universidade de Viena (Aústria), e no Muséum national d'histoire naturelle, em Paris. Quando o seu pai foi afastado do cargo de diretor do Museu Paulista por causa da entrada do Brasil na Primeira Guerra Mundial, em protesto se desligou do museu e abriu uma pequena fábrica de objetos de metal, a Fábrica Santa Izabel, onde trabalhou por dez anos, sem entretanto deixar de lado suas atividades como naturalista. Entre 1926 e 1927 passou a colaborar no laboratório de parasitologia da Faculdade de Medicina de São Paulo, criado pelo helmintologista Lauro Pereira Travassos. A partir de 1927 intensificou sua pesquisa no ramo da ictiologia, classificando inúmeras novas espécies de peixes. Trabalhou no Instituto Biológico de Defesa Agrícola e Animal de São Paulo, criado em 1927, onde foi assistente na seção de entomologia e parasitologia animal e chefe da seção de zoologia. Dedicou-se ao estudo das piracemas da região do Estado de São Paulo, especialmente da represa Billings, e dos rios Mogi-Guaçu (em Cachoeira de Emas), Tietê (em Salto do Itu), e Piracicaba (em Salto de Piracicaba). A partir de 1931, dedicou-se exclusivamente aos trabalhos de bio-economia na área da piscicultura. Foi chefe da Comissão Técnica de Piscicultura do Nordeste, de 1932 a 1937, promovendo um grande impulso à piscicultura no Nordeste e no mundo, com o desenvolvimento da técnica de reprodução artificial de peixes, conhecido como hipofisação. Organizou estações de piscicultura em Pirassununga e em Porto Alegre. Foi membro da Academia Brasileira de Ciências, da Sociedade de Biologia de São Paulo, do Clube Zoológico do Brasil, da "Limnological Society of America" e da "American Fisheries Society". Foi declarado doutor honoris causa pela Universidade de Giessen. A Sociedade Brasileira de Zoologia, criada em 1978, instituiu o Prêmio Rodolpho von Ihering em sua homenagem. Morreu em 15 de setembro de 1939.

Foi representante do Brasil na Organização Internacional do Trabalho (OIT), órgão criado em 1919 e que torna-se a primeira agência especializada da ONU em 1946. Atuou tanto no Rio de Janeiro quanto em Montreal (a partir de 1942) e Genebra (a partir dos anos 1950). Fazia parte de uma família positivista, assim como Paulo Carneiro e Alberto Pizarro Jacobina.