O Museu Paraense de História Natural e Etnografia teve origem a partir da fundação da Sociedade Filomática, em 6 de outubro de 1866, que tinha entre os seus objetivos a criação de um museu e uma biblioteca. Em 25 de março de 1871 então, foi inaugurado o Museu, inicialmente localizado no Liceu Paraense. O idealizador, e primeiro diretor foi o naturalista Domingos Soares Ferreira Penna. Em junho de 1894 assumiu a sua direção o cientista suíço e ex-funcionário do Museu Nacional, Emílio Augusto Goeldi, cuja gestão ficou conhecida como o período de consolidação da instituição, que passou a ter o seu nome em 1900. A partir de 1954, o então Conselho Nacional de Pesquisa, através de sua unidade subordinada, o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, mediante convênio com o Estado do Pará, passou a administrar o Museu.