As origens do Laboratório de Hanseníase do Departamento de Medicina Tropical do IOC remontam à criação, em 1946, do Instituto de Leprologia do Serviço Nacional de Lepra, então subordinado ao Departamento Nacional de Saúde (DNS). Sua criação visava a constituição de um núcleo de estudos e pesquisas que subsidiassem as ações públicas voltadas ao controle e tratamento da hanseníase, suprimindo a lacuna deixada pelo encerramento das atividades do Centro Internacional de Lepra que, com o apoio da Liga das Nações, funcionou entre 1934 e 1939 no IOC. A partir de 1947, tiveram início as pesquisas e os estudos nas dependências do Hospital Frei Antônio, no bairro de São Cristóvão, no Rio de Janeiro. Em 1952 foi inaugurado, anexo ao hospital, o pavilhão que seria a sede do Instituto até 1976. Porém, somente em 1955, foi definido o regimento do Serviço Nacional de Lepra e com ele uma estrutura para o Instituto de Leprologia. Esta estrutura permaneceu até 1969 e contemplava as seguintes subdivisões finalísticas, denominadas turmas: Anatomia Patológica; Bacteriologia e Imunologia; Bioquímica e Farmacologia e ainda, Clínica e Terapêutica. Através de convênio com a Irmandade do Santíssimo Sacramento da Candelária, o Hospital Frei Antônio funcionava como clínica hospitalar. Neste período, os trabalhos do Instituto orientaram-se pelos seguintes temas básicos, entre outros: hanseníase experimental; Imunologia da hanseníase; diagnóstico e classificação; experimentação de novas drogas e de associações medicamentosas; papel das enzimas na predisposição e no desenvolvimento da doença; patogenia e terapêutica da reação leprótica e, ainda espaços viscerais da hanseníase. O Instituto realizava também o preparo e a distribuição de lepromina e outros reagentes para o diagnóstico da hanseníase. Em maio de 1970, o Instituto de Leprologia passou a integrar a Fiocruz como órgão autônomo, coordenado pelo IOC, permanecendo, porém, sua sede em São Cristóvão. Apesar deste novo posicionamento institucional, o Instituto de Leprologia manteve as mesmas linhas básicas no desenvolvimento de suas atividades. Em 1976, quando um amplo programa de reformulação da Fiocruz foi implementado, o Instituto de Leprologia foi absorvido pelo IOC, e seus trabalhos de estudo e pesquisa passaram, em 1980, a ser realizados pelo Setor de Leprologia, então constituído como uma subdivisão do Departamento de Medicina Tropical. Esta vinculação organizacional permanece até os dias de hoje, mudando apenas a sua denominação para Laboratório de Hanseníase. Operando no campus de Manguinhos, o laboratório atua desde então nas áreas assistenciais, de formação de recursos humanos e de pesquisa, estas voltadas particularmente para a imunopatologia, para os estudos clínico-epidemiológicos e para o diagnóstico precoce da hanseníase.

Quando a primeira epidemia de Febre Amarela ocorreu no Estado do Rio de Janeiro em 1849, alguns surtos da doença já tinham ocorrido no país : Recife (1685) e Salvador (1686 e 1849). De 1850 a 1899 a Febre Amarela propagou-se pelo país, seguindo os caminhos da navegação marítima, o que levou à ocorrência de epidemias em quase todas as províncias do Império. Desde então, a etiologia e a profilaxia da doença passaram a mobilizar a comunidade científica. Em 1881, o médico cubano Carlos Juan Finlay comprovou que o Aedes aegypyti era o transmissor da Febre Amarela. Esta descoberta
orientou as ações das primeiras campanhas de combate à doença no Rio de Janeiro e em cidades paulistas ocorridas no início do século passado, inclusive a primeira Campanha contra a Febre Amarela comandada por Emílio Ribas na cidade de Sorocaba (SP) em 1901.
O plano de combate à febre amarela no Rio de Janeiro elaborado por Oswaldo Cruz, foi apresentado ao ministro da Justiça em 1 de abril de 1903. A campanha foi desencadeada dias depois, da criação do Serviço de Profilaxia da Febre Amarela em 1904 pela Diretoria Geral de Saúde Pública (Decreto n. 5.157 de 8 de maio).
Em 1916, a Fundação Rockefeller, através de sua agência, a Internacional Health Board (IHB), chega ao Brasil para iniciar estudos e estabelecer contatos com autoridades nacionais visando sua participação na implementação de ações voltadas para a erradicação da febre amarela no litoral brasileiro. Em 1917, inicia-se a cooperação do IHB com governos estaduais e com o governo federal visando a realização de estudos sobre a profilaxia da ancilostomíase e para a criação de serviços de profilaxia geral. (HOCHMAN, 1998:97).
Após acordo firmado entre o governo federal brasileiro e a Fundação
Rockefeller em 1923, as ações voltadas para a profilaxia e para erradicação da febre amarela no país contaram com participação ativa da Fundação até 1946, quando retirou-se do país. Neste período foram criados o Serviço de Profilaxia Rural (Decreto n.13.358 de 9 de abril de 1919); o Departamento Nacional de Saúde Pública (Decreto n. 3.987 de 2 de janeiro de 1920); o Serviço de Febre Amarela ; o Serviço Cooperativo da Febre Amarela, subordinado ao DNSP; o Departamento Nacional de Saúde Pública (Decreto 19444 de 1 de dezembro de 1930) e o Serviço Nacional de Febre Amarela (Decreto n.1.975 de 23 de janeiro de 1940).
Entre 1931 e 1939 a Fundação Rockefeller estreitou sua cooperação com o governo brasileiro, junto primeiramente, ao Serviço Cooperativo da Febre Amarela e posteriormente ao Serviço Nacional de Febre Amarela. Data deste período uma nova visão da etiologia da doença, que admitia sua ocorrência também no meio rural, constatada não só pela presença do mosquito, mas também através de exames post-mortem do tecido hepático. Isto levou a uma mudança nos métodos de combate à febre amarela silvestre,
elevando sua eficácia. (COC, 2001, p.87) A partir de 1940, o Serviço Cooperativo de Febre Amarela (SCFA) transfere suas operações ao recém criado Serviço Nacional de Febre Amarela, vinculado ao Ministério da Educação e Saúde (MES) por intermédio de seu
Departamento Nacional de Saúde. Segundo depoimento de José Fonseca da Cunha à Casa de Oswaldo Cruz: “A Fundação Rockefeller desenvolvia um trabalho cooperativo com o governo brasileiro. Depois foram para o morro da viúva, enquanto se construía um prédio no campus do Instituto Oswaldo Cruz, que ficou pronto em 1937. Abrigava o Laboratório de Histopatologia de Febre Amarela que fazia todo o trabalho de pesquisa, diagnóstico e produção de vacina contra a Febre Amarela.” (HAMILTON,W.;AZEVEDO, N.,1998: p.3) Ainda segundo este depoimento a sede do Serviço de Febre Amarela localizava-se no palácio da Marquesa de Santos em São Cristóvão.
Até 1934 as amostras de fígado eram enviadas para o Bahia Yellow Fever Laboratory, inaugurado em 1928 em Salvador. Este Laboratório funcionou até 1937, mas
em 1934, parte de suas atividades foi transferida para espaço cedido pela Fundação Gaffré Guinle no Hospital da Tijuca. Em 1937 os laboratórios da Bahia e do Rio de janeiro foram unificados no novo prédio construído em Manguinhos. (BENCHIMOL, 2001:141)
Em 1936 a Rockefeller contrata e supervisiona a confecção dos primeiros mapas aéreos do interior do Brasil com o objetivo de marcar os contornos dos focos da doença que eram complementados com relatos sobre as condições de vida dos habitantes e a ecologia do lugar. (BENCHIMOL, 2001:129)
No mesmo ano, Max Theiler e Henry Smith, da Fundação Rockefeller,
chegam a cepa 17D da Febre Amarela. Em 1937, a vacina é testada pela primeira vez no Brasil e em 1940, novo estudo é desenvolvido no sul de Minas Gerais, com a imunização de mais de 5000 pessoas, o que permitiu ajustes para a forma final da vacina.
(http://www.bio.fiocruz.br/interna/vacinas_historia.htm em 02.05.2007).
Em 1938 é demonstrado que os mosquitos silvestres Haemagogus
capricornii e Haemagogus leucocelaenus podem ser transmissores naturais da Febre Amarela. Mais tarde, comprova-se que o Haemagogus spesgazzinii, o Aedes scapularis, o o Aedes fluvialilis e Sabethes cloropterus são também transmissores silvestres. (FUNASAfev/ 2001-p.24)
Em 1940 é criado o Serviço Nacional de Febre Amarela (SNFA) pelo
decreto nº 1.975 de 23 de janeiro, que determina em seu artigo 5º que a fabricação da vacina e as pesquisas científicas relativas à febre amarela seriam realizadas no Instituto Oswaldo Cruz. O regimento do SNFA (decreto 8.675 de 4 de fevereiro de 1942) incluía entre seus serviços, o de vacinação e de vicerotomia, sem fazer alusão à fabricação da vacina ou às pesquisas sobre febre amarela.
Havia um trabalho cooperativo entre o laboratório da Rockefeller e o SNFA. (HAMILTON, AZEVEDO, 1999) O laboratório fazia o trabalho de pesquisa, diagnóstico e produção da vacina contra a febre amarela e o SNFA fazia o trabalho de vacinação, de viscerotomia, além de fornecer os dados epidemiológicos das regiões. Para isto o SNFA
dividia o Brasil em circunscrições e setores cujos chefes se encarregavam de organizar os postos de viscerotomia para a coleta de amostras de fígados dos indivíduos que morriam num prazo de dez dias. O laboratório de histopatologia da Rockefeller analisava e proferia o diagnóstico. Os programas de vacinação eram feitos de acordo com os dados epidemiológicos das regiões, de modo que os médicos faziam um diário de campo que deveria ser remetido para o Rio de Janeiro em duas vias, uma para o laboratório de
histopatologia e outra para o SNFA a cada 15 dias.
O Laboratório de Febre Amarela possuía na sua estrutura desde 1939 as seguintes seções: cartografia, laboratório de entomologia, laboratório de histopatologia, laboratório de sorologia e o laboratório de vacina antiamarílica. 2 O laboratório possuía também um serviço de vacinações que foi transferido de Manguinhos para um escritório na rua México até ser desativado em 1943, quando o SNFA criou , no seu edifício central na avenida Pedro II, em são Cristóvão, um posto de vacinação. Até 1946 o Laboratório da Febre Amarela permaneceu sob o controle da Fundação Rockefeller sob a denominação de
Serviço de Estudos e Pesquisas sobre Febre Amarela (SEPFA). (BENCHIMOL,2001:216)
Quando a Rockefeller se retira do Brasil em janeiro de 1946, a Seção de Vacina do Laboratório passou a fazer parte do Serviço Nacional de Febre Amarela (SNFA), sob o nome de Laboratório de Vacina Antiamarílica, graças às articulações de Waldemar Antunes, então diretor do SNFA e ex-funcionário da Rockefeller, e do Ministro Clemente Mariani, ministro da Educação e Saúde, que consideravam que o laboratório deveria estar vinculado ao Serviço de Vacinação. Em 1949, Henrique Beaurepaire Rohan de Aragão demitiu-se da direção do Instituto Oswaldo Cruz por não aceitar a decisão de submeter os laboratórios ao SNFA. Quando Olympio Oliveira Ribeiro da Fonseca assumiu a direção do IOC, o governo revogou a decisão de passar os Laboratórios para o SNFA e o Laboratório de Vacina Antiamalarílica tornou-se a 2º Seção da Divisão de Vírus do Instituto Oswaldo Cruz em janeiro de 1950. O acervo do Laboratório de Histopatologia de Febre Amarela foi transferido para a Divisão de Patologia do IOC em 1949 e, mais tarde foi incorporado à Coleção de Febre Amarela localizada no Departamento de Patologia (assim denominado a partir de 1970).
Em 1952, o laboratório produziu 11 milhões de doses da vacina, uma
quantidade, na época, extraordinária para deter uma nova onda de febre amarela silvestre, que se aproximou dos centros urbanos do Sudeste. Durante parte deste período, o laboratório antiamarílico, além de fornecer vacinas ao Serviço de Febre Amarela, manteve em atividade as pesquisas e exames relacionados à doença. A partir de meados dos anos 50, os relatórios do Laboratório de Vacina Antiamarílica deixaram de mencionar as atividades de pesquisa no Pavilhão Rockefeller. A partir de então supomos que as atividades de
pesquisa foram absorvidas por outras seções e departamentos do IOC.
Quando houve a separação das pastas da educação e da saúde, o Ministério da Saúde teve seu regulamento aprovado pelo decreto nº 34.595 de 16 de novembro de 1953. Os seguintes órgãos passaram a compor a estrutura do ministério: Conselho Nacional de Saúde, Departamento Nacional de Saúde e Instituto Oswaldo Cruz. Compunham o Departamento Nacional de Saúde, o Serviço de Biometria Médica; o Serviço de Febre Amarela e as Delegacias Federais de Saúde. O Instituto Oswaldo Cruz ficou com a
seguinte estrutura: Divisão de Endemias, Divisão de Fisiologia, Divisão de Higiene, Divisão de Microbiologia e Imunologia, Divisão de Patologia, Divisão de Química e Farmacologia e Divisão de Vírus.
A Lei nº 2743, de 6 de março de 1956 criou o Departamento Nacional de Endemias Rurais (DNRu) ao qual competia organizar e executar pesquisas e promover o combate à malária, leishmaniose, doença de Chagas, febre amarela, esquistossomose, peste, brucelose, ancilostomose, filariose, hidatidose, bouba, bócio endêmico, tracoma, e outras endemias existentes no país. Foram incorporados ao Departamento Nacional de Endemias Rurais os Serviços Nacionais de Malária, Peste e Febre Amarela. A Competência de realizar pesquisas e estudos sobre as endemias supracitadas e aperfeiçoar os métodos
profiláticos destinados a combatê-las, assim como o estabelecimento das normas para inquéritos sobre as referidas doenças e a sua realização ficou a cargo do Instituto Nacional de Endemias Rurais subordinado ao DNRu.. Em 1958, o DNRu considerou erradicado o
Aedes Aegypti 4no Brasil e reduziu a equipe da coordenação da febre amarela mantendo apenas os serviços de vacinação e vicerotomia, o de vigilância dos aeroportos, portos marítimos e fluviais e às localidades situadas nas fronteiras.
Em 1960 o Laboratório de Vacina Antiamarílica transferiu-se para o
Pavilhão Henrique Aragão no campus de manguinhos onde se encontra até hoje.
Em 1970, foi criada a Superintendência de Campanhas de Saúde Pública (Sucam) através do Decreto n.º 66623 de 22 de maio, resultado da fusão do DNERu e das Campanhas de Erradicação da Varíola e da Malária. Neste mesmo ano, pelo Decreto n.º 66624, a Fundação de Recursos Humanos para a Saúde foi transformada em Fundação Instituto Oswaldo Cruz (Fiocruz), e o INERu a ela integrado. Pelo Decreto n.º 67049, de 13 de agosto de 1970, o INERu passou a se chamar Instituto de Endemias Rurais, ficando
subordinado à direção do Instituto Oswaldo Cruz (IOC) como órgão autônomo. Compunham a estrutura do Instituto Oswaldo Cruz no novo regimento os departamentos de Microbiologia e Imunobiologia, Zoologia Médica, Patologia e Doenças Tropicais, Química e Terapêutica Experimental eTecnologia. A Coordenação de Órgãos
Autônomos, tinha por atribuição a supervisão das atividades dos Institutos de Endemias Rurais, Leprologia, Fernandes Figueira e Evandro Chagas. Foi também instituído como um dos órgãos centrais da Fiocruz em 1970 o Instituto de Produção de Medicamentos –
IPROMED – resultado da fusão do Serviço de Produtos Profiláticos do DNRu com o Departamento de Soros e vacinas do Instituto Oswaldo Cruz. A extinção do IPROMED, em 1976, deu origem ao Laboratório de Tecnologia em Produtos Biológicos de Manguinhos (Bio-Manguinhos) e o Laboratório de Tecnologia em Quimioterápicos de Manguinhos (Far-Manguinhos) De acordo com a norma regulamentar n° 05/78, de 15 de outubro de 1978, o Laboratório de Febre Amarela passou a fazer parte da estrutura organizacional de Bio-Manguinhos. A norma operacional n° 02/78, de 1 de novembro de 1978, detalhou a
estrutura de Bio-Manguinhos e discriminou as seguintes atribuições do Laboratório de Febre Amarela:
a) assistir e assessorar o Superintendente de Bio-Manguinhos;
b) produzir vacinas contra a Febre Amarela;
c) dirigir, coordenar e controlar a execução das atividades do processo
produtivo de vacinas contra a Febre Amarela;
d) treinar pessoal técnico;
e) elaborar e apresentar relatório de atividades;
f) manter sistemático relacionamento com as unidades da Fiocruz,
visando a integração das unidades.
Cabia ao Laboratório de Desenvolvimento e Controle de Vacinas e Matérias Primas controlar biológica e fisicoquimicamente as vacinas produzidas por Bio- Manguinhos de acordo com legislação pertinente.
Por volta de 1983, o laboratório ficou subordinado a Coordenadoria de Desenvolvimento e Produção de Vacinas Virais, depois a Diretoria de Produção II e, a partir de 1987, passou a fazer parte do Departamento de Produção II (DEPRO II). O DEPRO II tinha as seguintes atribuições: procedimentos e processos de planejamento,
produção, análise, desenvolvimento tecnológico, controle, acompanhamento e bom andamento das atividades ligadas as vacinas contra a Febre Amarela, Sarampo e outras atividades dentro de sua área de atuação.
O Laboratório de Febre Amarela era composto pelos setores de Produção de Vírus; de Lavagem e Preparo de Materiais e de Preparo de Vacinas. Desenvolvia as seguintes atividades: planejamento, desenvolvimento de processos e procedimentos de
produção de células, vírus-semente, insumos, ajustes de concentração de vírus, estocagem de concentrados virais, titulação durante processo, formulação de vacinas, processos de envasamento, liofilização e recravamento de envasados, e outras atividades típicas de sua área de atuação. Ao Setor de Produção de Vírus cabiam as seguintes atribuições: os processos e procedimentos de produção e processamento de células e vírus necessários à produção de concentrados virais, ajuste e padronização de concentração de vírus, formulação, envase, liofilização, recravação e pré-estocagem da vacina. Ao Setor de Lavagem e Preparo de Materiais caberiam a lavagem e preparo de materiais e equipamentos necessários aos processos e procedimentos de vírus vacinal. Ao Setor de Preparo de Vacinas caberia a produção de vacinas contra a Febre Amarela.
Atualmente, segundo a portaria 006/05 de Bio-Manguinhos, o Laboratório de Febre Amarela (LAFAM) encontra-se subordinado ao Departamento de Vacinas Virais, criado em 2002, que, por sua vez está subordinado à Vice-diretoria de Produção. Ao LAFAM pertencem os seguintes setores:
SEOVO - Setor de Ovoscopia;
SELPM - Setor de Lavagem e Preparo de Materiais;
SEPVI - Setor de Produção de Vírus;
SEFAM - Setor de Formulação da Febre Amarela
Hoje, a Fiocruz é responsável por 80% da produção mundial da vacina
antiamarílica.

Em agosto de 1978, o Laboratório Central de Controle de Drogas, Medicamentos e Alimentos foi transferido da estrutura da administração direta do Ministério da Saúde para a Fiocruz. Mais tarde, em 1981, sua denominação seria alterada para Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS).