O Instituto Nacional de Endemias Rurais (INERu) originou-se da lei n. 2.743, de 6 de março de 1956, que criou o Departamento Nacional de Endemias Rurais (DNERu) no Ministério da Saúde. Sua estrutura organizacional era constituída pelo Núcleo Central de Pesquisas da Guanabara, Centro de Pesquisa René Rachou (MG), Núcleo de Pesquisas da Bahia e Centro de Pesquisa Aggeu Magalhães (PE). Aos centros e núcleos, por seus laboratórios, competia: realizar estudos e pesquisas sobre o conhecimento de malária, leishmaniose, doença de Chagas, peste, brucelose, febre amarela, esquistossomose, filariose e outras endemias brasileiras, investigando a natureza e o comportamento de seus agentes etiológicos, vetores e hospedeiros, assim como os fatores e modos de transmissão; atuar no aperfeiçoamento das medidas de combate às endemias; participar, com a Divisão de Profilaxia do DNERu, dos inquéritos destinados a determinar o grau de prevalência e de morbidade das referidas doenças e a avaliar os métodos profiláticos empregados, como também estabelecer as normas observadas nesses inquéritos; promover a celebração de convênios, acordos, contratos e ajustes com outros órgãos de pesquisas, governamentais ou não. Durante a década de 1960 o INERu instituiu programas de trabalho visando à intensificação do controle e combate às endemias rurais, tais como: Plano Piloto para Experimentação e Avaliação da Metodologia no Controle da Esquistossomose, Investigações e Estudos sobre Doença de Chagas, Pesquisas sobre Leishmanioses e Projeto Piloto para Pesquisas Aplicadas ao Combate à Peste no Brasil. Em 1970, pelo decreto n. 66.623, de 22 de maio, foi criada a Superintendência de Campanhas de Saúde Pública, resultado da fusão do DNERu com as Campanhas de Erradicação da Varíola e da Malária. Nessa mesma data, pelo decreto n. 66.624, a Fundação de Recursos Humanos para a Saúde foi transformada em Fundação Instituto Oswaldo Cruz (Fiocruz) e o INERu a ela integrado. Pelo decreto n. 67.049, de 13 de agosto de 1970, o INERu passou a denominar-se Instituto de Endemias Rurais, ficando subordinado à direção do Instituto Oswaldo Cruz (IOC) como órgão autônomo. No primeiro semestre de 1976 foi aprovado pelo ministro da Saúde o Plano de Reorientação Programática da Fiocruz, que integrou as atividades e definiu os objetivos até então dispersos na área de pesquisa. Desta forma, o INERu foi incorporado à estrutura do IOC, e seus centros e núcleos regionais foram transformados nestas unidades: Centro de Pesquisa René Rachou, Centro de Pesquisa Aggeu Magalhães e Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz.

A instituição tem origem no ano de 1911, quando seu terreno, no Engenho de Dentro, abrigou a primeira colônia agrícola destinada às alienadas remetidas do antigo Hospício Nacional de Alienados (HNA). Durante as primeiras décadas, funcionou então como parte da rede de Assistência aos Alienados, que tinha o hospício da Praia Vermelha como instituição central. No entanto, ao longo da década de 1940, com a decisão pela transferência do HNA para o Engenho de Dentro, esta recebeu as estruturas médicas e administrativas do antigo Hospício, que incluía pacientes, funcionários e parte dos acervos da instituição. A partir daí, tornou-se então o principal centro psiquiátrico da cidade do Rio de Janeiro e foi renomeada como Centro Psiquiátrico Nacional, posteriormente, Centro Psiquiátrico Pedro II. Nos anos 2000, a administração do antigo Centro passou para a esfera municipal e a instituição passou a chamar-se Instituto Municipal Nise da Silveira. Desta forma, o IMNS sucedeu o Centro Psiquiátrico Pedro II (antes denominado Centro Psiquiátrico Nacional) que, por sua vez, sucedeu o antigo hospício da Praia Vermelha, o Hospício Nacional de Alienados.

Devido à superlotação da Seção Pinel do Hospital Nacional de Alienados, foram criadas as Colônias de Alienados da Ilha do Governador (São Bento e Conde de Mesquita), em 1890. Em 1909, João Augusto Rodrigues Caldas, diretor das Colônias da Ilha do Governador, verificou a necessidade de transferi-las para um local mais amplo, pois o número de doentes já atingia a casa do 300. Este número aumentou gradativamente com a transferência de doentes do Hospital Nacional de Alienados, a fim de poder dar a eles melhor tratamento. Em 1912, a fazenda do Engenho Novo em Jacarepaguá foi desapropriada para utilidade pública. Juliano Moreira e Rodrigues Caldas encontraram, nesta fazenda, o local apropriado para a colônia agrícola, por ser uma área ampla, com matas virgens, rios e cachoeiras. Em 1921, as obras e as novas construções foram iniciadas, mas só em 1923 é que os 15 pavilhões estavam em condições de habitação. Sendo assim, a Colônia de Alienados de Jacarepaguá foi inaugurada em 29 de março de 1924, e todos os pacientes das Colônias da Ilha do Governador foram para ela transferidos. Em 1935, a Colônia de Alienados de Jacarepaguá mudou seu nome para Colônia Juliano Moreira (CJM), em homenagem ao médico Juliano Moreira, que havia falecido em 1933. Por muito tempo a CJM foi referência nacional em atenção à Saúde Mental. Entre as décadas de 1920 e 1980 a instituição funcionou como destino final para pacientes considerados irrecuperáveis. Na década de 1960 chegou a abrigar cerca de 5.000 pessoas. Entretanto, no início da década de 1980, após longo processo de deterioração, a instituição iniciou uma transformação do seu modelo assistencial, em consonância com a Reforma Psiquiátrica, que vinha acontecendo em diversos países. Foram abolidos os eletrochoques, as lobotomias e os abusos de neurolépticos. Novas internações de longa permanência deixaram de ser aceitas e a assistência a novos pacientes em crise passou a ser realizada pelo Hospital Jurandyr Manfredini, especialmente criado para este fim. Em 1996, a Colônia Juliano Moreira (CJM) foi municipalizada, tendo seu nome alterado para Instituto Municipal de Assistência à Saúde Juliano Moreira.

Adotou a denominação atual, após a morte de seu diretor Evandro Chagas, em novembro de 1940.