A Seção de Zoologia Médica foi criada e formalizada no regulamento do Instituto Oswaldo Cruz de 1926, compondo-se das subseções de Protozoologia, Entomologia e Helmintologia. Entretanto, o IOC, desde a sua criação, atribuiu importância fundamental às áreas de estudos e pesquisas que compunham a zoologia médica, a qual permaneceu prestigiada até a atualidade. Esta importância ficou evidente quando o Instituto, ao delimitar suas áreas de atuação, estruturou-se formalmente em seções cujas denominações refletiam suas atribuições finalísticas. Sendo assim, em 1919 foram definidos como seus objetivos principais, os estudos de patologia experimental, de higiene, de zoologia, de veterinária e fitopatologia. Em 1921, foi criada a Seção de Protozoologia, área de excelência do Instituto para o que contribuiu de forma decisiva a descoberta das doença de Chagas. Em 1922 foi criada a Seção de Entomologia e, finalmente, como já mencionado anteriormente, em 1926, a Seção de Zoologia Médica. Esta estrutura manteve-se até 1982 com algumas alterações. Em 1942, a Seção de Zoologia Médica passou a chamar-se Divisão de Zoologia Médica: em 1962, nova denominação foi atribuída ao órgão, Divisão de Zoologia, acrescendo-se ao mesmo as seções de Malacologia e Hidrobiologia e, em 1970, substituiu se o termo divisão por departamento, passando a denominar-se Departamento de Zoologia. Nesta ocasião foi também suprimida a Seção de Malacologia. Ao iniciar-se a década de 80, as seções se departamentalizaram e a Zoologia Médica não mais foi mencionada na estrutura organizacional da instituição, sendo porém representada pelas disciplinas que a compõe. Hoje, fazem parte do IOC, entre outros, o Departamento de Protozoologia, formado pelos Laboratórios de Biologia, de Tripanossoma, de Imunidade Celular e Humoral e de Imuno-Modulação; o Departamento de malacologia, que tem sob sua orientação o laboratório de mesmo nome, e o Departamento de Helmintologia, composto pelos laboratórios de Esquistossomose Experimental, de Helmintos Parasitas de Vertebrados e de Helmintos Parasitas de Peixes. Por sua vez, a entomologia enquanto disciplina permanece atualmente vinculada ao Departamento de Biologia.

O Departamento de Vacinas Virais é subordinado à Vice-diretoria de Produção criada em 2002. O Departamento é composto pelo Laboratório de Febre Amarela (LAFAM), Laboratório de Pólio (LAPOL), Laboratório de Antígenos Virais (LAANV), Laboratório de Produção de Células (LAPRC) e pela Divisão de Apoio de Virais (DIAPV).

Criado em outubro de 1980, o Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular (DBBM) estruturou-se em laboratórios compostos por equipes responsáveis pelo desenvolvimento de linhas de pesquisa específicas e com financiamento próprio. O primeiro a ser criado, em 1980 - o Laboratório de Biologia Molecular e Doenças Endêmicas - originou-se a partir dos mesmos pressupostos e objetivos que justificam a criação do DBBM: a concepção, o desenvolvimento e aperfeiçoamento da tecnologia de caracterização genotípica de tripanossoamatídeos que utiliza a separação eletroforética dos fragmentos do DNA do cinetoplasto, gerados por digestão em enzimas de restrição-análise de esquizodemas - técnica recomendada pela Organização Mundial de Saúde (OMS) para T. cruzi e leishmania. Em 1980 também foram criados os Laboratórios de Pesquisa, Desenvolvimento e Produção de Insumos para a Biotecnologia e Laboratório de Eletroforese de Isoenzimas, que em 1989 passou a ser Laboratório de Sistemática Bioquímica. As principais linhas de trabalho deste último são a caracterização fenotípica e genotípica de leishmania: a zimotaxonomia do gênero víbrio; a caracterização bioquímica dos vetores das doenças parasitárias e a caracterização por enzimas de bacilos de importância para a saúde pública. Em 1984, o mesmo laboratório recebeu credenciamento do UNDP/World Bank/WHO Special Progamme for Research and Training Tropical Diseases (IRD) para a caracterização de Leishmania. Em 1981, foi criado o Laboratório de Caracterização Genotípica, Filogenia e Epidemiologia Molecular de Tripanossomatídeos, os laboratórios de Expressão Genética e de Bioquímica de Insetos. Em 1986, constituiu-se Laboratório de Biologia Molecular de Flavivírus, ano em que também foi criado, como laboratório autônomo, o Centro de Referência da OMS para tipagem de Tripanossoma cruzi. Pôr último, foi inaugurado, em 1987, o Laboratório de Biologia Molecular e Diagnóstico de Doenças Infecciosas. Em 1992, uma reformulação estrutural na instituição conferiu ao DBBM os laboratórios de Imunopatogia e de microsequenciamento e extinguiu o Laboratório de Pesquisa, Desenvolvimento e Produção de Insumos para a Biotecnologia e o Laboratório de Caracterização Molecular de Tripanossomatídeos.

Em 1966, a Escola Nacional de Saúde Pública passou a integrar a Fundação Ensino Especializado em Saúde Pública criada pela Lei nº 5.019 de junho de 1966. No que se refere ao ensino, a Fundação Ensino Especializado em Saúde Pública se departamentaliza, constituindo o Conselho Departamental - integrado pelos chefes de departamento -, o orgão consultivo para a fixação da política educacional e da pesquisa. No estatuto da Fensp – Decreto nº 59.050 de 11 de agosto de 1966 – foram criados os departamentos de ensino ao qual a ENSP ficou subordinada: Ciências Biológicas, Epidemiologia, Metodologia e Planejamento, Saneamento, Administração de Saúde e Estatística. A Fensp em 1969 passou a denominar-se Fundação Recursos Humanos para a Saúde. Em 22 de maio de 1970 passou a denominar-se Instituto Presidente Castello Branco e a incorporar a Fundação Instituto Oswaldo Cruz, hoje Fundação Oswaldo Cruz. A Resolução nº 6 de 13 de abril de 1970 extinguiu o Departamento de Metodologia e Planejamento cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Administração em Saúde que passou a denominar-se Departamento de Administração e Planejamento de Saúde. Extinguiu-se também o Departamento de Estatística cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Epidemiologia que passou a denominar-se Departamento de Epidemiologia, depois Departamento de Epidemiologia e Estatística. A Resolução 20 de 12 de junho do mesmo ano, por sua vez, extinguiu o Departamento de Ciências Sociais, cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Administração de Planejamento de Saúde. Enfim, apesar do Regimento do Instituto Castello Branco ser posterior as duas Resoluções, na prática entre 1970 e 1976, as funções exercidas pelos departamentos continuaram sendo desempenhadas. No Regimento do Instituto Castello Branco de 8 de setembro de 1970 constam dois departamentos: o de Recursos Humanos para a Saúde e o de Preparação de Pessoal. Este último através da Coordenação de Áreas de Docência incorporou as atividades desenvolvidas pelos departamentos. As áreas de docência são as seguintes: Ciências Biológicas, Epidemiologia, Saneamento, e Administração. Em 1976 o Instituto Presidente Castello Branco recuperaria sua denominação original: Escola Nacional de Saúde Pública.