Nasceu na cidade do Rio de Janeiro em 19 de julho de 1930, filho de imigrantes portugueses. Graduou-se pela Faculdade Nacional de Medicina da Universidade do Brasil em 1954. Desde o segundo ano do curso (1950) iniciou estágio de iniciação científica no Instituto de Biofísica, sob a orientação de José de Moura Gonçalves e de Antonio Couceiro. Em sua carreira no Insituto, alcançou os títulos de Pesquisador Associado do CNPq (1957), Livre Docente (1965, orientado por Carlos Chagas Filho), Professor Adjunto (1970), Professor Titular (1984) e Professor Emérito (2001). Realizou estágios de pós-graduação na Post-Graduate Medical School, Hammersmith Hospital de Londres (1956-57), na Université Libre de Bruxelles (1960), no Instituto Superior de Saúde, em Roma (1963-64). Foi um dos precursores, com João Lucio de Azevedo e Sergio Olavo da Costa, nas pesquisas de genética de microrganismos no país. Em 1970 criou o Laboratório de Fisiologia Celular, voltado para o estudo do controle genético de funções celulares em bactérias. Identificou os genes ftsH (hoje AAA) e dinM em E. coli, e participou do projeto de vacinas orais contra E. coli enterotoxigênica, com Luis Ferreira. Teve constante participação na vida comunitária da ciência brasileira., Foi membro das diretorias e do Conselho da Sociedade Brasileira de Genética (1976-82) e da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (1979-83), Coordenador do Comitê Assessor de Genética (1986-88), e membro do Conselho Deliberativo do CNPq (1988-90). Foi representante da comunidade no Conselho da FINEP (1987-93) e da CAPES (2000-02), Membro do Conselho Universitário da UFRJ (1986-90), Vice-Presidente do Comitê Executivo e Membro do Comitê dos Diretores da International Federation of Institutes for Advanced Study. No Instituto de Biofísica foi diretor entre 1985 e 1989. Também atuou na divulgação científica, dentro e fora da SBPC como co-fundador das revistas Ciência Hoje (1982) e Ciência Hoje das Crianças, do Informe Ciência Hoje (1986) e do Jornal da Ciência. A partir de 1988, ao constatar a necessidade de alto poder computacional para estudos em bioinformática iniciou, em ação individual pioneira, o processo que levou à fundação do Laboratório de Bioinformática (LABINFO) no LNCC/CNPq. Em 2000 o LABINFO estava apto a coordenar o projeto GeneBrasil/CNPq, uma rede de 25 centros brasileiros, para o sequenciamento completo do genoma da Chromobacterium violaceum. Em setembro de 2008, o LABINFO inaugurou a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida. Em 2001 foi homenageado como Professor Emérito da UFRJ. A partir desse ano, passou a dedicar se a pesquisa em história contemporânea da ciência brasileira como professor visitante da Fiocruz, atuando no Departamento de Arquivo e Documentação da Casa de Oswaldo Cruz. Morreu em 6 de março de 2014 no Rio de Janeiro.