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O Manicômio Judiciário do Rio de Janeiro foi criado pelo decreto n° 14.831, de 25 de maio de 1921. A instituição ficou sob a responsabilidade do Ministério da Justiça e Negócios Interiores até 1931, quando passou para a jurisdição do Ministério da Educação e Saúde Pública, conforme o decreto n° 21.110, de 16 de junho. Com a sanção da lei n° 6.568, de 24 de setembro de 1978, a União cedeu ao estado do Rio de Janeiro o prédio do manicômio e também a sua administração. Em 1955 a instituição foi denominada Manicômio Judiciário Heitor Carrilho e, em 1984, Hospital de Custódia e Tratamento Psiquiátrico Heitor Carrilho. O hospital foi oficialmente extinto no dia 20 de março de 2013, em consonância com a lei federal n° 10.216, de 6 de abril de 2001. No dia 8 de outubro de 2013 foi inaugurado o Instituto de Perícias Heitor Carrilho, com sede no pavilhão administrativo do antigo complexo do Manicômio Judiciário.

Em 1908 Carlos Chagas vai a Lassance, em Minas Gerais, com a missão de organizar a profilaxia da malária nos canteiros de obras da Estrada de Ferro do Brasil, onde permaneceu desenvolvendo trabalhos que levaram à descoberta de uma nova tripanossomíase, causada por um protozoário e transmitida ao homem por um inseto hematófago denominado barbeiro. Em parte, graças à repercussão dos estudos sobre esta doença, Oswaldo Cruz obteve recursos para construir em Manguinhos um hospital destinado aos estudos clínicos e bacteriológicos de moléstias encontradas no interior do país. Esta verba não foi suficiente, e o Hospital Oswaldo Cruz teve suas obras custeadas, em boa parte, por recursos do próprio Instituto. Data de 1918 a sua inauguração, embora só tenha começado a funcionar, efetivamente, em 1921. O primeiro projeto de construção do Hospital Oswaldo Cruz, de 1917, elaborado pelo arquiteto Luís de Moraes e exibido na Exposição Internacional de Berlim, não foi executado. O segundo, de 1912, previa seis pavilhões, mas apenas um foi edificado e está em atividade até hoje. Dirigido por Evandro Chagas, o Hospital de Manguinhos cumpria sua função de Centro de estudos de pesquisas clínicas, como também prestava assistência médica à população. A entidades mórbidas, tais como a febre amarela, a Leishmaniose Visceral e tegumentar, a doença de Lutz e o pênfigo foliáceo fossem também objeto de estudo. Após a morte prematura de Evandro Chagas, em 1940, o hospital passou a se chamar Hospital Evandro Chagas. Nos anos 50, iniciou-se a construção de um novo prédio - o Pavilhão 26 - com instalações físicas bem maiores, mas nunca chegou a funcionar plenamente. Em meados dos anos 70, o Hospital Evandro Chagas, sem recursos, retornou ao seu antigo prédio, o histórico Pavilhão Gaspar Viana. Hoje o Hospital Evandro Chagas realiza pesquisas e presta serviços assistenciais de referência nas áreas de febre amarela, esquistossomose, leishmaniose, malária, cólera, dengue e Aids, entre outras doenças.

Em 1935 o prédio do Instituto de Proteção e Assistência à Infância (IPAI), fundado em 1899 por Arthur Moncorvo Filho, foi cedido pela família à Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro para abrigar seu hospital de clínicas, passando a denominar-se Hospital Moncorvo Filho. A partir de 1942, o prédio passou a abrigar o Instituto de Ginecologia (IG/UFRJ) e, posteriormente, o Instituto Estadual de Diabetes e Endocrinologia Luiz Capriglione (IEDE). O prédio foi tombado pelo Instituto Estadual do Patrimônio Cultural (INEPAC) em 1990 por sua importância histórica e arquitetônica para a cidade.

Inaugurado como Sanatório de Maracanaú, atualmente se chama Hospital Municipal de Maracanaú.

O Conjunto Sanatorial de Curicica passou a se chamar Hospital Municipal Raphael de Paula Souza.

Inaugurado como Sanatório do Sancho, também conhecido como Sanatório Popular do Recife, Conjunto Sanatorial de Teijipió, e atualmente pertence ao Hospital Otavio de Freitas, bairro de Tejipió, Recife (PE).

Inaugurado Sanatório João Penido, mudou de nome para Hospital Regional João Penido

Foi inaugurado em 1938 como Sanatório Getúlio Vargas. Posteriormente, foi transformado em Hospital das Clínicas para servir de campo de estágio ao ser criado o curso de Medicina da Universidade Federal do Espírito Santo, em 20 de dezembro de 1967. Em 1980 adotou o nome atual.