Originou-se da Escola Livre de Farmácia e Química Industrial de Porto Alegre, criada em fevereiro de 1896 por iniciativa dos membros da União Farmacêutica de Porto Alegre, entrou em funcionamento no ano seguinte, instalando-se na Escola Normal. Ainda em 1897, foi criado um curso de partos que era ministrado na Santa Casa da Misericórdia da capital gaúcha. A partir da junção dos cursos de farmácia, química industrial e de partos teve origem a Faculdade de Medicina e Farmácia de Porto Alegre em 25 de julho de 1898. No ano seguinte iniciou suas atividades. Embora tenha retirado a Farmácia de sua denominação em 1911, a Escola de Farmácia foi mantida como anexa à Faculdade de Medicina, tornando-se autônoma somente a partir de dezembro de 1949. Pelo decreto nº 20.530 de 17/10/1931, a faculdade tornou-se um instituto federal. Com a criação da Universidade de Porto Alegre foi autorizada a integração da Faculdade de Medicina, com suas escolas de Odontologia e Farmácia, à quela Universidade pela lei nº 173 de 06/01/1936. A partir de então, passou a se chamar Faculdade de Medicina da Universidade de Porto Alegre. Em 1949, os cursos de odontologia e farmácia foram transformados em institutos autônomos. Em 1965, todas as universidades vinculadas ao Ministério da Educação e Cultura foram qualificadas de federais. Dessa forma, a instituição aqui recebeu o nome de Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio Grande do Sul.