Em 1966, a Escola Nacional de Saúde Pública passou a integrar a Fundação Ensino Especializado em Saúde Pública criada pela Lei nº 5.019 de junho de 1966. No que se refere ao ensino, a Fundação Ensino Especializado em Saúde Pública se departamentaliza, constituindo o Conselho Departamental - integrado pelos chefes de departamento -, o orgão consultivo para a fixação da política educacional e da pesquisa. No estatuto da Fensp – Decreto nº 59.050 de 11 de agosto de 1966 – foram criados os departamentos de ensino ao qual a ENSP ficou subordinada: Ciências Biológicas, Epidemiologia, Metodologia e Planejamento, Saneamento, Administração de Saúde e Estatística. A Fensp em 1969 passou a denominar-se Fundação Recursos Humanos para a Saúde. Em 22 de maio de 1970 passou a denominar-se Instituto Presidente Castello Branco e a incorporar a Fundação Instituto Oswaldo Cruz, hoje Fundação Oswaldo Cruz. A Resolução nº 6 de 13 de abril de 1970 extinguiu o Departamento de Metodologia e Planejamento cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Administração em Saúde que passou a denominar-se Departamento de Administração e Planejamento de Saúde. Extinguiu-se também o Departamento de Estatística cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Epidemiologia que passou a denominar-se Departamento de Epidemiologia, depois Departamento de Epidemiologia e Estatística. A Resolução 20 de 12 de junho do mesmo ano, por sua vez, extinguiu o Departamento de Ciências Sociais, cujas atividades foram transferidas para o Departamento de Administração de Planejamento de Saúde. Enfim, apesar do Regimento do Instituto Castello Branco ser posterior as duas Resoluções, na prática entre 1970 e 1976, as funções exercidas pelos departamentos continuaram sendo desempenhadas. No Regimento do Instituto Castello Branco de 8 de setembro de 1970 constam dois departamentos: o de Recursos Humanos para a Saúde e o de Preparação de Pessoal. Este último através da Coordenação de Áreas de Docência incorporou as atividades desenvolvidas pelos departamentos. As áreas de docência são as seguintes: Ciências Biológicas, Epidemiologia, Saneamento, e Administração. Em 1976 o Instituto Presidente Castello Branco recuperaria sua denominação original: Escola Nacional de Saúde Pública.