As origens do Posto Avançado de Pesquisa Emmanuel Dias (PAPED) remontam ao ano de 1943, quando foi instalado, em Bambuí (MG), o Centro de Estudos e Profilaxia da Moléstia de Chagas (CEPMC), por determinação de Henrique Aragão, diretor do Instituto Oswaldo Cruz. Vinculado inicialmente à Divisão de Estudos de Endemias do Instituto, o Centro foi organizado e dirigido por Emmanuel Dias até a sua morte, em 1962. Seu objetivo básico era o estudo da doença de Chagas sob o ponto de vista da profilaxia. Posteriormente o Centro viria a desenvolver pesquisas sobre os demais aspectos da doença, especialmente a clínica, epidemiologia e terapêutica. No início da década de 1950, com a criação do Ministério da Saúde, o CEPMC, como posto avançado do IOC, integrou-se às suas diretrizes e, juntamente com o Departamento Nacional de Endemias Rurais e a Comissão do Vale do São Francisco, participou da campanha contra a doença de Chagas no município de Bambuí, considerada de pleno êxito. A partir da década de 1960, a atuação do CEPMC foi marcada pelo ínicio dos estudos na área da ecologia e biologia dos vetores - barbeiros - e pelos primeiros ensaios que introduziram os inseticidas piretróides no controle dos mesmos, recurso até hoje utilizado. Em meados da década de 1970 o CEPMC passou a vincular-se ao Centro de Pesquisas René Rachou, após a integração deste à estrutura da recém-criada Fiocruz, tornando-se seu posto avançado. Em 1980 recebeu a sua atual denominação.