O primeiro estatuto da Fundação Instituto Oswaldo Cruz (Fiocruz), aprovado pelo decreto n. 67.049, de 13 de agosto de 1970, definiu uma estrutura organizacional que comportava estas instâncias de gestão, administração e assessoramento superior: Conselho de Administração; Presidência; Conselho Técnico-Consultivo e Consultoria Jurídica. Definiu, ainda, a Junta de Controle como órgão de fiscalização financeira. Presidido pelo ministro da Saúde e composto por membros por ele designados, o Conselho de Administração tinha por atribuição fixar as normas necessárias à gestão administrativa e financeira da instituição. O mesmo instrumento estabelecia que a Fiocruz seria presidida pelo diretor do Instituto Oswaldo Cruz (IOC). Ao presidente cabiam atribuições executivas no que concerne à direção, coordenação e orientação das atividades da instituição. A ele competia, ainda, presidir o Conselho Técnico-Consultivo que, composto pelos diretores do Instituto Castelo Branco, do Instituto de Produção de Medicamentos, por chefes de alguns departamentos e pelo coordenador dos institutos autônomos, tinha por atribuição opinar acerca de questões técnico-científicas. O primeiro regimento, também de 1970, constituiu a Administração Geral da instituição e conferiu ao núcleo da Presidência uma estrutura que comportava um gabinete, uma assessoria e o Serviço de Relações Públicas. Em 1976, essa estrutura de gestão e administração superior sofreu a primeira modificação. Um novo estatuto suprimiu o Conselho de Administração, desvinculou o exercício da presidência da direção do IOC e transformou o Conselho Técnico-Consultivo em Conselho Técnico Científico, que, de órgão de representação interna, passou a ser composto por conselheiros nomeados pelo ministro. O mesmo instrumento também previu, pela primeira vez, a existência de vice-presidências, transformou a Junta de Controle em Unidade de Controle Interno e criou a Assessoria de Segurança e Informações. Ao final desse ano estavam também constituídas a Superintendência de Administração Geral, a Assessoria Geral de Planejamento, a Assessoria de Relações Públicas e a Prefeitura do campus. Em dezembro de 1979, foram pela primeira vez definidos os campos de atuação das vice-presidências, contemplando as áreas de pesquisa, de recursos humanos e de desenvolvimento tecnológico. Competia aos vice-presidentes a direção das unidades centrais de suas áreas, respectivamente o IOC, a Escola Nacional de Saúde Pública e o Laboratório Central de Drogas, Medicamentos e Alimentos, que em junho de 1981 passou a denominar-se Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Entre o final da década de 1980 e o início da seguinte, as áreas de atuação das vice-presidências foram redefinidas, refletindo as deliberações do I e II Congressos Internos da Fiocruz. Na década de 1990 as áreas de planejamento e administração centralizadas sofreram modificações, em boa parte decorrentes da adequação da estrutura da Fiocruz às normas gerais definidas para a administração federal. Entre as alterações ocorridas nesse período, destacam-se a criação da Diretoria de Recursos Humanos; a transformação também em diretoria da Superintendência de Administração Geral e a transformação da Superintendência de Planejamento em Assessoria de Planejamento Estratégico. Atualmente a Presidência da Fiocruz contempla as vice-presidências de Pesquisa e Laboratórios de Referência; Desenvolvimento Institucional e Gestão do Trabalho; Ambiente, Atenção e Promoção da Saúde; Produção e Inovação em Saúde; Ensino, Informação e Comunicação. Conta ainda com nove órgãos de assistência direta, quatro unidades técnico-administrativas e uma unidade de apoio.

Em 1973 foi formulado o Programa Nacional de Imunizações (PNI), por determinação do Ministério da Saúde, com o objetivo de coordenar as ações de imunizações que se caracterizavam, até então, pela descontinuidade, pelo caráter episódico e pela reduzida área de cobertura. A proposta básica para o Programa, constante de documento elaborado por técnicos do Departamento Nacional de Profilaxia e Controle de Doenças (Ministério da Saúde) e da Central de Medicamentos (CEME - Presidência da República), foi aprovada em reunião realizada em Brasília, em 18 de setembro de 1973, presidida pelo Ministro Mário Machado Lemos e contou com a participação de renomados sanitaristas e infectologistas, bem como de representantes de diversas instituições. Em 1975 foi institucionalizado o PNI, resultante do somatório de fatores, de âmbito nacional e internacional, que convergiam para estimular e expandir a utilização de agentes imunizantes, buscando a integridade das ações de imunizações realizadas no país. O PNI passou a coordenar, assim, as atividades de imunizações desenvolvidas rotineiramente na rede de serviços e, para tanto, traçou diretrizes pautadas na experiência da Fundação de Serviços de Saúde Pública (FSESP), com a prestação de serviços integrais de saúde através de sua rede própria. Em seguimento à erradicação da varíola, inicia-se em 1980 a "1ª Campanha Nacional de Vacinação contra a Poliomielite", com a meta de vacinar todas as crianças menores de 5 anos em um só dia. De 1990 a 2003, o PNI fez parte da Fundação Nacional de Saúde. A partir de 2003, passou a integrar o Departamento de Vigilância Epidemiológica da Secretaria de Vigilância em Saúde (DEVEP/SVS), inserido na Coordenação Geral do Programa Nacional de Imunizações (CGPNI).