Documentos textuais: reúne documentos que abordam a origem do IOC, fornecendo informações sobre sua criação e funcionamento, e sobre as atividades de pesquisa, ensino, produção e assistência, nas áreas de ciências biomédicas e saúde pública desenvolvidas ao longo do século XX. Abrange, por exemplo, documentos relacionados à administração de pessoal e gestão institucional, em que se destacam: relatórios anuais de atividades; correspondência da Direção (1908-1971); livros e dossiês com assentamentos funcionais; documentos relativos aos concursos públicos para o provimento de cargos de assistente (1917) e chefe de laboratório (1936), bem como o funcionamento dos órgãos subordinados ao IOC e localizados em outras unidades da federação, entre os quais o Hospital Regional de Lassance (MG, 1911-1941), o Instituto de Patologia Experimental do Norte (PA, 1936-1941) e o Instituto Ezequiel Dias (BH, 1936-1941). Inclui ainda documentos sobre o funcionamento e manutenção das instalações do IOC na Ilha dos Pinheiros, na Baía de Guanabara. Destacam-se também relatórios e ordens de serviço referentes à administração de biotérios e à manutenção da segurança do campus de Manguinhos. Sobre os serviços destacam-se laudos de análise de medicamentos; guias de controle da distribuição de penicilina e boletins de exame de ratos (1944-1957), da Divisão de Microbiologia e Imunologia, atividade desenvolvida em parceria com o Serviço Nacional da Peste. Entre os documentos produzidos e acumulados pelos departamentos e laboratórios que desenvolvem atividades de pesquisa encontram-se relatórios e protocolos de experiências, cadernos de protocolo, cadernos de campo e de laboratório, cadernos de necropsias, artigos científicos, cartas, formulários com resultados de exames, exames diagnósticos e livros de registro, entre outros. Quanto aos serviços de assistência médica destacam-se os documentos do Hospital Evandro Chagas, como prontuários médicos de portadores de doença de Chagas. Sobre as atividades de ensino desenvolvidas no IOC os documentos refletem aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos desenvolvidos desde a década de 1910 (1908-1969) e do Curso Especializado de Higiene e Saúde Pública.
Documentos iconográficos: reúne fotografias que retratam as atividades desenvolvidas pelo IOC (1873-1980) desde sua criação, como a construção de seus pavilhões; aspectos gerais do campus e arredores; principais personagens, entre eles pesquisadores, técnicos, alunos e funcionários; expedições científicas e material coletado; campanhas sanitárias; visitantes ilustres; aspectos técnicos
e científicos das pesquisas; produção de imunobiológicos e de fármacos; pacientes e eventos. Inclui também imagens da atuação de Oswaldo Cruz e Carlos Chagas e de diplomas, condecorações, títulos e registros de participação em sociedades científicas. O fundo contém esboço do futuro Pavilhão Mourisco feito por Oswaldo Cruz, desenhos com detalhes das edificações do IOC, do Pavilhão da Exposição de Dresden, da descrição morfológica de insetos e helmintos pertencentes à documentação produzida e acumulada no âmbito das coleções científicas de entomologia e helmintologia, além de cartazes de eventos científicos, de cursos e das Memórias do Instituto Oswaldo Cruz.
Documentos cartográficos: reúne mapas de vários estados brasileiros com representações de registros epidemiológicos, indicando áreas de incidência da febre amarela, e plantas com perspectiva geral e detalhes de fachadas e pavimentos das construções dos primeiros pavilhões e do edifício principal do conjunto histórico do IOC. Inclui também levantamentos topográficos da área; planta da residência de Oswaldo Cruz no bairro de Botafogo; plantas da fazenda Manguinhos e do campus da Fiocruz (1903-1932).
Documentos sonoros: reúne registro dos discursos da cerimônia de posse da diretoria do IOC em 28 de abril de 1989.
Documentos audiovisuais: reúne filmes produzidos em 1911. O primeiro, intitulado Chagas em Lassance, mostra Carlos Chagas e doentes estudados por ele em Lassance (MG), região onde, em 1909, foi descoberta a doença que leva seu nome. Provavelmente Carlos Chagas exibiu esse filme nas suas aulas e também na Academia Nacional de Medicina. O segundo filme, Serviço de Febre Amarela, apresenta imagens do Serviço de Profilaxia da Febre Amarela, da ação dos guardas sanitários no combate ao mosquito transmissor e das diversas técnicas de desinfecção das casas, da cobertura das casas com pano americano, do isolamento dos doentes, do aparelho Clayton, e do nascimento do mosquito Aedes aegypti. Os filmes foram apresentados por Oswaldo Cruz na Exposição Internacional de Higiene, realizada em 1911 em Dresden, Alemanha.