Reúne correspondência incluindo principalmente ofícios, cartas, telegramas, memorandos e cartas-circulares; documentação jurídica, englobando cópias, minutas de projetos de leis e decretos, atos e portarias; programas; projetos; relatórios; pareceres; convênios; contratos; atas; demonstrativos contábeis e financeiros, entre outros documentos produzidos ou recebidos pela Presidência da Fiocruz e pelos seus órgãos de assessoramento imediato.
Referem-se sobretudo às atividades de planejamento e gestão superior da instituição. Destacam-se aquelas relativas às ações consideradas prioritárias e de caráter estratégico no que diz respeito à estruturação organizacional da instituição, às suas instalações físicas e seu aparelhamento operacional, à programação e ao desenvolvimento de suas atividades finalísticas, ao atendimento de necessidades de recursos humanos. No que concerne ao planejamento e à execução das atividades finalísticas destacam-se os documentos de caráter programático, tais como planos, programas e projetos, além de relatórios que assinalam, em termos gerais, os resultados obtidos. Entre aqueles estão incluídos os que registram as relações de cooperação interinstitucional mantidas pela instituição, assim como a sua inserção em políticas de âmbito nacional e regional.

Reúne documentos diversos relativos à organização e ao funcionamento da Ensp, tanto no que diz respeito a aspectos técnico-acadêmicos quanto à administração geral.
No primeiro caso, destacam-se os materiais referentes à formulação, ao desenvolvimento e à avaliação de convênios, programas e projetos voltados às áreas de ensino, pesquisa e prestação de serviços em saúde pública, em muitos casos resultantes da cooperação com instituições brasileiras, estrangeiras e com organismos internacionais. Estes materiais contemplam , também, a realização de eventos acadêmicos-científicos ou de discussão de políticas públicas, incluindo a sua programação, os trabalhos apresentados e seus documentos finais. Dentre os registros que permitem um detalhamento das atividades finalísticas desenvolvidas, destacam-se textos, apostilas e outros materiais utilizados para fins didáticos ou como suporte à pesquisa, trabalhos, artigos e relatórios setoriais, assim como a correspondência emitida e recebida pela diretoria da unidade e pelos seus departamentos . Merecem destaque, ainda, os documentos que possibilitam a observação dos aspectos mais gerais do planejamento, da organização e do funcionamento da Fiocruz e da sua inserção em políticas públicas de âmbito nacional.
Quanto à documentação compreendida entre 1940 e 1954, esta refere-se à organização a ao funcionamento da Diretoria Nacional de Saúde.
A área de administração geral da unidade é contemplada, de forma abrangente, por documentos referentes a assuntos de pessoal, à aquisição e ao controle de materiais e equipamentos e, em menor escala, ao planejamento contábil da unidade.

Reúne prontuários médicos com informações referenciais dos pacientes internados no Hospital Evandro Chagas. Constam dos prontuários os antecedentes familiares e pessoais do doente, histórico da moléstia, observações clínicas e diagnóstico. Acompanham os documentos formulário com anotações sobre o cotidiano do paciente internado, resultados de exames e fotografias. Cabe assinalar que o preenchimento dos campos nem sempre foi feito com regularidade.

A seção é constituída por documentos referentes ao Congresso Interno, Núcleo Central de Decisões e Conselhos Técnico-Científico, Administrativo e Deliberativo da instituição, bem como processos eleitorais para o cargo de presidente da Fiocruz.

A documentação reúne atos oficiais e outros documentos formais expedidos pela direção do IOC, desde as suas origens até a sua incorporação à Fiocruz, normatizando procedimentos e informando sobre a vida funcional dos servidores. Inclui ainda a correspondência expedida pela direção, pelo Serviço de Administração e outros órgãos do Instituto, refletindo as várias atividades desenvolvidas ao longo do período, tais como: remessas de vacinas, laudos de análises de preparados, visitas de pesquisadores estrangeiros ao IOC, realização de cursos. A documentação inclui também a carta-testamento de Oswaldo Cruz.

Os documentos encontram-se organizados em séries e subséries que refletem as funções e atividades desempenhadas pelo Departamento de Imunologia. A partir do estudo da estrutura, da correspondência e da análise dos documentos, foram estabelecidas as seguintes séries: Administração Geral; Ensino; Eventos; Produção Científica; e Correspondência.

Reúne cartas, telegramas, cartões-postais e fotografias produzidas e acumuladas pela direção do Departamento de Helmintologia.
Merece destaque o intercâmbio científico mantido por J. F. Teixeira de Freitas com pesquisadores brasileiros e estrangeiros.

A documentação reflete aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos do IOC. Contempla fichas de alunos com informações pessoais e sobre a sua formação, ocupação e desempenho no curso, dossiês de alunos contendo declarações; atestados e provas; atas e livros de atas que arrolam informações sobre a frequência e o desempenho dos alunos, assim como a realização de concursos de seleção. Contém, também, livros de assentamento de alunos e de registro de diplomas, certificados e aulas ministradas. Os documentos diversos incluem relatórios anuais, regimentos internos e correspondência do diretor do IOC e da coordenação referentes a aspectos vários da administração dos cursos. A documentação relativa ao Curso de Higiene e Saúde Pública inclui atas de exames, ofícios, relatórios, folhetos informativos, relação de alunos e programas de cursos.