Projetos, ofícios e relatórios. Documentos relativos à instalação do instituto e à contratação de pessoal técnico-científico (Ismael da Rocha, Henrique Figueiredo de Vasconcellos, Arthur Vieira de Mendonça, Antônio Cardoso Fontes, Ezequiel Dias e o veterinário Carré, além do titular) efetuadas pelo barão de Pedro Affonso; correspondência administrativa envolvendo o Instituto Soroterápico Federal, a Prefeitura do Distrito Federal, a Diretoria Geral de Saúde Pública e o Ministério da Justiça e Negócios Interiores, além de documentos descrevendo a produção dos soros antipestoso e antidiftérico e acidentes envolvendo a utilização destes terapêuticos.

Percorrendo praticamente todo o período em que o titular esteve à frente de Manguinhos, com concentração nos períodos de 1901-1902, 1905-1907, 1910 e 1915. O primeiro período refere-se ao momento em que, após ter realizado estudos em Manguinhos, Henrique da Rocha Lima seguiu para a Alemanha no intuito de estudar bacteriologia no Instituo de Higiene de Berlim, sob a orientação de Martin Ficker, recebendo notícias do titular sobre as pesquisas feitas em Manguinhos sobre a malária, peste bubônica, raiva, filariose, além de informar-lhe sobre a eclosão da pesta bubônica no Rio de Janeiro e sobre a oposição feita ao Instituto. Em dezembro de 1902, após a exoneração do barão de Pedro Affonso da direção do Instituto Soroterápico, o titular, pretendendo ampliar os fins do instituto, convida-o a chefiar os estudos sobre as doenças tropicais, ao mesmo tempo em que lhe pede sua coleção de culturas, e que passe no Instituto Pasteur de Paris e traga amostras da cultura de difteria para iniciar o preparo do soro antidiftérico. O segundo momento descreve os estudos feitos pelo missivista e por Alcides Godoy sobre o carbúnculo sintomático, ou peste da manqueira, que atingia o gado bovino. Os dois cientistas vão para Juiz de Fora para realizar a soro-vacinação anticarbunculosa nos bezerros que, após esta experiência, passaria a fazer parte da pauta de produção de Manguinhos. Em meados de 1906, Henrique da Rocha Lima embarca novamente para a Alemanha, passando antes em Londres, onde procurou o taxonomista Frederick V. Theobald no Museu de História Natural, e em Paris, onde esteve no Instituto Pasteur e ficou surpreso com o culto à personalidade de Pasteur que ali se fazia. Por um breve período permanece no Instituto de Higiene de Berlim, mas logo vai para Munique especializar-se em anatomia patológica com Hermann Duerck, onde poderá também estudar a febre amarela e coletar material para estudo e ensino em Manguinhos. Neste período os dois cientistas trocam informações e respeito das experiências e rotinas que vivenciam em seus respectivos institutos, além de comentar a vida cultural em Munique e Berlim, e acontecimentos como a tramitação do projeto de reformulação de Manguinhos no Senado e a morte do cientista Francisco Fajardo, após ter tomado o soro antipestoso. Em 1907 a correspondência versa essencialmente sobre a participação de Manguinhos no XIV Congresso e na Exposição de Higiene e Demografia de Berlim, onde os trabalhos apresentados foram: "Epidemiologia da peste no Rio" por Figueiredo de Vasconcellos; "Evolução do halterídio do pombo-espirulose das galinhas" por Henrique Aragão; "Contribuição ao estudo químico do bacilo da tuberculose" por Cardoso Fontes; "Mosquitos transmissores do impaludismo no Brasil" e "Profilaxia do impaludismo" por Carlos Chagas e Arthur Neiva e "Profilaxia da febre amarela no Rio de Janeiro" por Oswaldo Cruz. Após a premiação neste evento, há um hiato na correspondência, retornando apenas em 1909, quando o titular informa a seu missivista sobre a nova doença descoberta por Carlos Chagas, que viria a se chamar doença de Chagas ou tripanossomíase americana, cujo relato sairia no segundo número das Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. Na mesma carta, o titular o parabeniza por ter sido convidado por Hermann Duerck a permanecer no Instituto de Patologia de Munique.