A documentação reúne atos oficiais e outros documentos formais expedidos pela direção do IOC, desde as suas origens até a sua incorporação à Fiocruz, normatizando procedimentos e informando sobre a vida funcional dos servidores. Inclui ainda a correspondência expedida pela direção, pelo Serviço de Administração e outros órgãos do Instituto, refletindo as várias atividades desenvolvidas ao longo do período, tais como: remessas de vacinas, laudos de análises de preparados, visitas de pesquisadores estrangeiros ao IOC, realização de cursos. A documentação inclui também a carta-testamento de Oswaldo Cruz.

Reúne correspondência incluindo principalmente ofícios, cartas, telegramas, memorandos e cartas-circulares; documentação jurídica, englobando cópias, minutas de projetos de leis e decretos, atos e portarias; programas; projetos; relatórios; pareceres; convênios; contratos; atas; demonstrativos contábeis e financeiros, entre outros documentos produzidos ou recebidos pela Presidência da Fiocruz e pelos seus órgãos de assessoramento imediato.
Referem-se sobretudo às atividades de planejamento e gestão superior da instituição. Destacam-se aquelas relativas às ações consideradas prioritárias e de caráter estratégico no que diz respeito à estruturação organizacional da instituição, às suas instalações físicas e seu aparelhamento operacional, à programação e ao desenvolvimento de suas atividades finalísticas, ao atendimento de necessidades de recursos humanos. No que concerne ao planejamento e à execução das atividades finalísticas destacam-se os documentos de caráter programático, tais como planos, programas e projetos, além de relatórios que assinalam, em termos gerais, os resultados obtidos. Entre aqueles estão incluídos os que registram as relações de cooperação interinstitucional mantidas pela instituição, assim como a sua inserção em políticas de âmbito nacional e regional.

A seção é constituída por documentos referentes ao Congresso Interno, Núcleo Central de Decisões e Conselhos Técnico-Científico, Administrativo e Deliberativo da instituição, bem como processos eleitorais para o cargo de presidente da Fiocruz.