O Instituto Nacional de Endemias Rurais (INERu) originou-se da lei n. 2.743, de 6 de março de 1956, que criou o Departamento Nacional de Endemias Rurais (DNERu) no Ministério da Saúde. Sua estrutura organizacional era constituída pelo Núcleo Central de Pesquisas da Guanabara, Centro de Pesquisa René Rachou (MG), Núcleo de Pesquisas da Bahia e Centro de Pesquisa Aggeu Magalhães (PE). Aos centros e núcleos, por seus laboratórios, competia: realizar estudos e pesquisas sobre o conhecimento de malária, leishmaniose, doença de Chagas, peste, brucelose, febre amarela, esquistossomose, filariose e outras endemias brasileiras, investigando a natureza e o comportamento de seus agentes etiológicos, vetores e hospedeiros, assim como os fatores e modos de transmissão; atuar no aperfeiçoamento das medidas de combate às endemias; participar, com a Divisão de Profilaxia do DNERu, dos inquéritos destinados a determinar o grau de prevalência e de morbidade das referidas doenças e a avaliar os métodos profiláticos empregados, como também estabelecer as normas observadas nesses inquéritos; promover a celebração de convênios, acordos, contratos e ajustes com outros órgãos de pesquisas, governamentais ou não. Durante a década de 1960 o INERu instituiu programas de trabalho visando à intensificação do controle e combate às endemias rurais, tais como: Plano Piloto para Experimentação e Avaliação da Metodologia no Controle da Esquistossomose, Investigações e Estudos sobre Doença de Chagas, Pesquisas sobre Leishmanioses e Projeto Piloto para Pesquisas Aplicadas ao Combate à Peste no Brasil. Em 1970, pelo decreto n. 66.623, de 22 de maio, foi criada a Superintendência de Campanhas de Saúde Pública, resultado da fusão do DNERu com as Campanhas de Erradicação da Varíola e da Malária. Nessa mesma data, pelo decreto n. 66.624, a Fundação de Recursos Humanos para a Saúde foi transformada em Fundação Instituto Oswaldo Cruz (Fiocruz) e o INERu a ela integrado. Pelo decreto n. 67.049, de 13 de agosto de 1970, o INERu passou a denominar-se Instituto de Endemias Rurais, ficando subordinado à direção do Instituto Oswaldo Cruz (IOC) como órgão autônomo. No primeiro semestre de 1976 foi aprovado pelo ministro da Saúde o Plano de Reorientação Programática da Fiocruz, que integrou as atividades e definiu os objetivos até então dispersos na área de pesquisa. Desta forma, o INERu foi incorporado à estrutura do IOC, e seus centros e núcleos regionais foram transformados nestas unidades: Centro de Pesquisa René Rachou, Centro de Pesquisa Aggeu Magalhães e Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz.