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Documentos textuais: reúne documentos que abordam a origem do IOC, fornecendo informações sobre sua criação e funcionamento, e sobre as atividades de pesquisa, ensino, produção e assistência, nas áreas de ciências biomédicas e saúde pública desenvolvidas ao longo do século XX. Abrange, por exemplo, documentos relacionados à administração de pessoal e gestão institucional, em que se destacam: relatórios anuais de atividades; correspondência da Direção (1908-1971); livros e dossiês com assentamentos funcionais; documentos relativos aos concursos públicos para o provimento de cargos de assistente (1917) e chefe de laboratório (1936), bem como o funcionamento dos órgãos subordinados ao IOC e localizados em outras unidades da federação, entre os quais o Hospital Regional de Lassance (MG, 1911-1941), o Instituto de Patologia Experimental do Norte (PA, 1936-1941) e o Instituto Ezequiel Dias (BH, 1936-1941). Inclui ainda documentos sobre o funcionamento e manutenção das instalações do IOC na Ilha dos Pinheiros, na Baía de Guanabara. Destacam-se também relatórios e ordens de serviço referentes à administração de biotérios e à manutenção da segurança do campus de Manguinhos. Sobre os serviços destacam-se laudos de análise de medicamentos; guias de controle da distribuição de penicilina e boletins de exame de ratos (1944-1957), da Divisão de Microbiologia e Imunologia, atividade desenvolvida em parceria com o Serviço Nacional da Peste. Entre os documentos produzidos e acumulados pelos departamentos e laboratórios que desenvolvem atividades de pesquisa encontram-se relatórios e protocolos de experiências, cadernos de protocolo, cadernos de campo e de laboratório, cadernos de necropsias, artigos científicos, cartas, formulários com resultados de exames, exames diagnósticos e livros de registro, entre outros. Quanto aos serviços de assistência médica destacam-se os documentos do Hospital Evandro Chagas, como prontuários médicos de portadores de doença de Chagas. Sobre as atividades de ensino desenvolvidas no IOC os documentos refletem aspectos da administração acadêmica da Coordenação dos Cursos desenvolvidos desde a década de 1910 (1908-1969) e do Curso Especializado de Higiene e Saúde Pública.
Documentos iconográficos: reúne fotografias que retratam as atividades desenvolvidas pelo IOC (1873-1980) desde sua criação, como a construção de seus pavilhões; aspectos gerais do campus e arredores; principais personagens, entre eles pesquisadores, técnicos, alunos e funcionários; expedições científicas e material coletado; campanhas sanitárias; visitantes ilustres; aspectos técnicos
e científicos das pesquisas; produção de imunobiológicos e de fármacos; pacientes e eventos. Inclui também imagens da atuação de Oswaldo Cruz e Carlos Chagas e de diplomas, condecorações, títulos e registros de participação em sociedades científicas. O fundo contém esboço do futuro Pavilhão Mourisco feito por Oswaldo Cruz, desenhos com detalhes das edificações do IOC, do Pavilhão da Exposição de Dresden, da descrição morfológica de insetos e helmintos pertencentes à documentação produzida e acumulada no âmbito das coleções científicas de entomologia e helmintologia, além de cartazes de eventos científicos, de cursos e das Memórias do Instituto Oswaldo Cruz.
Documentos cartográficos: reúne mapas de vários estados brasileiros com representações de registros epidemiológicos, indicando áreas de incidência da febre amarela, e plantas com perspectiva geral e detalhes de fachadas e pavimentos das construções dos primeiros pavilhões e do edifício principal do conjunto histórico do IOC. Inclui também levantamentos topográficos da área; planta da residência de Oswaldo Cruz no bairro de Botafogo; plantas da fazenda Manguinhos e do campus da Fiocruz (1903-1932).
Documentos sonoros: reúne registro dos discursos da cerimônia de posse da diretoria do IOC em 28 de abril de 1989.
Documentos audiovisuais: reúne filmes produzidos em 1911. O primeiro, intitulado Chagas em Lassance, mostra Carlos Chagas e doentes estudados por ele em Lassance (MG), região onde, em 1909, foi descoberta a doença que leva seu nome. Provavelmente Carlos Chagas exibiu esse filme nas suas aulas e também na Academia Nacional de Medicina. O segundo filme, Serviço de Febre Amarela, apresenta imagens do Serviço de Profilaxia da Febre Amarela, da ação dos guardas sanitários no combate ao mosquito transmissor e das diversas técnicas de desinfecção das casas, da cobertura das casas com pano americano, do isolamento dos doentes, do aparelho Clayton, e do nascimento do mosquito Aedes aegypti. Os filmes foram apresentados por Oswaldo Cruz na Exposição Internacional de Higiene, realizada em 1911 em Dresden, Alemanha.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, artigos científicos, discursos, fotografias, desenhos, relatórios de atividades, certificados, declarações, resoluções, programas de eventos, apostilas de curso, pareceres, informativos, recortes de jornal e revistas, entre outros documentos referentes á vida pessoal e á trajetória profissional do titular como pesquisador, professor, gestor e membro de instituições e associações científicas, entre elas o Instituto Oswaldo Cruz e a Sociedade Brasileira de Zoologia.

Reúne artigos, aerogramas, albúns, apontamentos, cartas, cartões-postais, certidões, certificados, comunicações em eventos, conferências, convites, currículos, desenhos, diapositivos, diplomas, discursos, ensaios, entrevistas, folhetos, fotografias, imagens impressas, informativos, jornais, medalhas, memoriais, negativos flexíveis, ofícios, pareceres, placas, propostas, prospectos, provas tipográficas, publicações, revistas, relatórios, resumos, telegramas e transcrições de aulas, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador do Instituto Biológico, redator e editor do jornal Folha de S.Paulo e da revista Ciência e Cultura, onde escreveu sobre temas relacionados à divulgação científica, bem como professor, gestor e membro de instituições e associações culturais e científicas.

Reúne cartas, ofícios, fotografias, cartões-postais, publicações, artigos científicos, recortes de jornal, imagens impressas, certificados, diplomas, relatórios de atividades, ensaios, revistas e projetos de pesquisa, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória do titular como professor, pesquisador e gestor na área de saúde pública, com ênfase no estudo e controle da tuberculose.

Reúne cartas, ofícios, artigos científicos, certidões, diplomas, nomeações, resoluções, portarias, fotografias e recortes de jornais, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador nas áreas de zoologia médica, parasitologia e helmintologia.

Reúne carteiras de identidade, designações, declarações, cartas, certificados, currículos, diplomas, artigos científicos, ofícios, relatórios de atividades, ensaios, revistas, atas de defesa de dissertação e listas de publicações, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e professor da área de saúde pública, sendo os principais objetos de seus estudos os seres que habitam o meio aquático, de águas doces ou marinhas.

Reúne cartas, cartões, telegramas, certificados, poemas, discursos, conferências, currículos, históricos, relatórios de atividades, pareceres, resumos, textos e artigos científicos, livros de protocolo, planos e projetos de pesquisa, desenhos, fotografias e transparências, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador das áreas de parasitologia e entomologia médica.

Reúne título de eleitor, recortes de jornais e revistas, diplomas, artigos e textos sobre criminologia e fotografias, entre outros documentos, referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico em diversas organizações hospitalares e no Instituto de Identificação da Polícia do Rio de Janeiro.

Reúne projetos, revistas, resoluções, atas de reunião, informativos, publicações e relatórios de atividades, entre outros documentos referentes às atividades da Liga das Nações na área da saúde, incluindo o período em que Carlos Chagas foi membro do Comitê de Higiene da instituição (1922-1934), e de entidades do sistema da Organização das Nações Unidas.

Reúne cartas, telegramas, crachás, artigos científicos, fotografias e informativos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico e professor universitário.

Reúne cartas, ofícios, teses, artigos científicos, currículos, diplomas, certificados, nomeações, atas, recortes de jornais e revistas, fotografias, programas de eventos, discursos, relatórios de atividades e informativos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico tisiologista e gestor de instituições de ensino e saúde pública.

Reúne artigos científicos, apontamentos, bilhetes, cartas, cartões, certificados, comunicação em eventos, currículos, declarações, ensaios, formulários, fotografias, imagens impressas, listas, manuais, mapas, memorandos, ofícios, programas de eventos, projetos e relatórios de pesquisa, provas tipográficas, publicações, recortes de jornais, relatórios de atividades, resumos, revistas, tabelas e telegramas referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador, professor, gestor e membro de instituições e associações científicas, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, telegrama, currículo, recortes de jornais, desenhos, fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e a trajetória profissional do titular como arquiteto, engenheiro e construtor dedicado a projetos de arquitetura hospitalar, sanitária e laboratorial no Rio de Janeiro.

Reúne cartas, ofícios, portarias, declarações, memorandos, projetos de pesquisa, relatórios, contratos, artigos científicos, recortes de jornais e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como antropólogo e professor.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, cartões-postais, portarias, artigos científicos, currículos, certificados, diplomas, projetos de pesquisa, relatórios de atividades, declarações, resoluções e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional da titular como pesquisadora na área de malacologia.

Reúne telegramas, cartas, fotografias, recortes de jornal, portarias, panfletos, estatutos, livros, cartões, relatórios de atividades, memorandos, atas de reunião, discursos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória do titular como prefeito municipal de Iguatu e diretor do Hospital de Santo Antônio dos Pobres.

Reúne cartas, diplomas, certificados, resumos de indicações e fotografias, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular, com ênfase em sua atuação como diretor-geral da Organização Mundial da Saúde.

Reúne imagens referentes às obras de restauração (levantamento diagnóstico, intervenções e seus resultados) dos prédios históricos da Fundação Oswaldo Cruz, especificamente o campus Manguinhos, e imagens referentes a sua tese de doutorado.

Reúne passaportes, carteiras de trabalho, cartas, fotografias, diapositivos, negativos de vidro, recortes de jornais, certificados, ofícios, memorandos, artigos científicos, contratos de trabalho e relatórios de atividades, entre outros documentos referentes à vida pessoal e a trajetória profissional do titular como professor e pesquisador de instituições brasileiras e estrangeira.

Reúne cartas, diplomas, certificados, discursos, recortes de jornais, artigos científicos, conferência e entrevista, entre outros documentos, referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico especialista em cancerologia e autor de livros sobre a história e cultura do Rio Grande do Sul, sua terra natal.

Reúne teses, relatórios de atividades, projetos, discursos, recortes de jornais, conferências, artigos científicos, revistas e fotografias, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador do Instituto Oswaldo Cruz e de outras instituições de ensino e pesquisa do Rio de Janeiro.

Reúne cartas, currículos, certificados, atestados, relatórios, comunicações, fotografias, folhetos, recortes de jornais, textos e artigos científicos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor, pesquisador e gestor nas áreas de medicina social e previdência e assistência social.

Reúne, cartas, ofícios, cartões, diplomas, recortes de jornais e revistas, artigos científicos, cadernos de recortes de jornais e revistas, fotografias e discursos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como médico especialista em análises clínicas.

Reúne cartas, oficios, memorandos, relatórios de atividades, declarações, atas de reunião, resumos, recortes de jornais, artigos científicos, publicaçôes e informativos, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular como pesquisador e membro de associações científicas.

Reúne cartas, diários de campo, programas de cursos, relatórios de pesquisa, conferências, apontamentos, artigos científicos, roteiros de pesquisa, recortes de jornais, fotografias e transcrições de depoimentos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como estudante, professor e pesquisador da Escola Livre de Sociologia e Política de São Paulo, doutorando na Universidade de Chicago, professor na Faculdade de Ciências Econômicas e Administrativas e na Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas da Universidade de São Paulo e pesquisador em diferentes contextos.

Reúne cartas, cartões-postais, bilhetes, ofícios, telegramas, certidões, nomeações, conferências, discursos, relatórios, decretos, folhetos, catálogos, recortes de jornais e revistas, cadernos de aulas, cadernos de anotações, textos e artigos científicos, orçamentos, projetos, resumos, fotografias e desenhos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como pesquisador e diretor do Instituto Oswaldo Cruz, diretor da Diretoria Geral de Saúde Pública e prefeito de Petrópolis, bem como representante do Brasil em eventos no exterior.

Reúne projetos, relatórios de atividades, portarias, recortes de jornais e revistas, cartas, memorandos, ofícios, informativos, atas de reunião, legislação, pareceres, periódicos, cartazes e fotografias, entre outros documentos referentes à trajetória profissional do titular nas áreas de produção e desenvolvimento de inseticidas, medicamentos e derivados de petróleo.

Reúne cartas, memorandos, ofícios, telegramas, bilhetes, convites, artigos científicos, discursos, conferências, fotografias, diplomas, certificados, declarações, projetos de pesquisa, comunicações, recortes de jornais e revistas, programas de eventos, atas de reunião, cartazes, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor, pesquisador, dirigente e membro de instituições científicas, acadêmicas e culturais, tanto no Brasil como no exterior.

Reúne cartas, ofícios, telegramas, currículos, declarações, certidões, certificados, diplomas, roteiros de aulas, programas de disciplinas, transparências, portarias e recortes de jornais, entre outros documentos referentes à vida pessoal e à trajetória profissional do titular como professor e pesquisador nas áreas de microbiologia e patologia.

Reúne cartas, memorandos, relatórios de atividades, revistas, publicações, jornais, fotografias, informativos, recortes de jornais e revistas, artigos científicos e programas de eventos, entre outros documentos referentes à vida pessoal e á trajetória profissional do titular como professor, pesquisador e gestor de instituições de saúde pública.